現在４を使ってますが、前の3.6からずっと続いている現象です。
ツールバーをカスタマイズして使っていますが、長いときは一週間、短いときは半日くらいで、カスタマイズしたツールバーがリセットされてしまいます。
ウインドウの位置などはそのままで、ツールバーの位置だけがほとんど元に戻ってしまいます。
グーグルのツールバーを入れてましたが、外しても現象は発生しました。
セーフモードでlocalstore.rdfを作り直しても効果はありません。
アドオンは、noscript,PDFdownload,configuration mania,greasemonkeyが3.6からずっと使っているものです。
もうお手上げです。同様の症状の方、もちろん対処法をご存知の方、よろしくお願いします。

Win XP Home SP3

まず。
すべてのアドオンはFirefox 4.0に正式に対応したものですか？

http://support.mozilla.com/ja/kb/基本的なトラブルシューティング

新しいプロファイルを作り、現象が再現されるかを確認。
再現される場合、Firefox以外の原因の可能性あり。(3.6からということだと、こちらの可能性が高いかも。)
http://support.mozilla.com/ja/kb/設定が保存されない

再現されない場合、
・ひとつずつアドオンを入れていき、都度、再現されるかを確認。
ひとつが原因となる場合が多いですが、ある組み合わせによって起こる場合もありますので、しっかり直したい場合は、丁寧に確認を。

ひとつのプロファイルを、異なるバージョンのFirefoxで使いまわすと不具合を引き起こす場合があります。(特にアドオンなどでカスタマイズしている場合)

ありがとうございます。
リンク先に参考になる情報がありましたので、しばらく様子を見てみます。

再インストールしました。プロファイル全削除です。
しばらく様子を見ます。

連続して開いたポップアップウインドウの中に、
途中からツールバーの配置がおかしくなったものがあり、
その後再起動させると、やはり配置がリセットされてました。
（かなりの高確率でおかしくなります）