最近、WindowsMailからThunderbirdにメーラを乗り換えました。
ヴァージョンは3.0.5です。
OSはwindowsvistaHEです。
ウイルスバスターを導入しています。

とても軽くて使い勝手がいいと思っているのですが、
一部のメールについて、読み取ってくれません。

プロバイダは@niftyで、niftyのWebMailで見る限りは、迷惑メール
扱いされてないメールで、その受信箱には今も存在するものの、
一部のメールはThunderbird ではダウンロードされていないのです。
例えば、
mail-magazine@barks.jp
e.matsu145@gmail.com
という一部のメルマガなどからのメールは受信できていないようです。
単に受信トレイに表示されていないだけなのかも知れませんが、
そうだとしても表示の仕方が分かりません。

@niftyのwebmailの方では迷惑メールフィルタを使っていますが、
こうした読み込めていないメールはもちろん迷惑メールフィルタに振り分け
られているものではありません。

どなたかよろしくお願いします。

　
マルチポストのようですね。
教えて！ Watch - Thunderbird で読み取ってくれないメールがあります。

あえて上記と重複しない部分として考えられる可能性を挙げておきます。

１．迷惑メールフィルタあるいはメッセージフィルタで「受信トレイ」以外のフィルダに
　　振り分けされているので受信しているが見つけられないか、削除されているなど
　　のケース。（確認不足あるいは見落とし。）
２．Web 上の受信箱（メールボックス）に不正なメールがあってそれが受信できない
　　問題を起こしている。
３．Thunderbird のプロファイルの一部が壊れている。（popstate.dat 以外）
４．ウイルスバスターが受信メールを隔離または削除している。


【対処方法】

（１）迷惑メールとして振り分けされていないか確認。またメッセージフィルタに該当
　　するような条件設定がないか確認。

（２）Web 上の受信箱の不正メールの有無を確認し、あれば削除してみる。

（３）A：「受信トレイ」の「最適化」や「牽引を再構築」を実行してみる。
　　 B：そのアカウントのメールのバックアップを取った上で一旦アカウントを削除。
　　　　Thunderbird 再起動後に最初から新規にアカウント設定して受信してみる。
　　　　＊サーバに受信メールを残しておく設定をしておいた方がいいでしょう。

（４）ウイルスバスターの設定を確認及び見直す。　


それでも再現するようならば以下のトラブルシューティングを試して問題を切り分けてみる。
Mozilla Thunderbird 3.0.5 リリースノート - トラブルシューティング
　

＃マルチポストについては以下を参照して今後気をつけてください。
　　せめて下記にある「失礼にならない方法」ぐらいは後からでも実行しましょう。
　　マルチポスト - Wikipedia
　

kiki様

不快感を与えてしまったようでしたらお詫びします。
一刻も解決方法を知りたかったための勇み足でした。

また、情報のご教示有り難うございました。
試してみたいと思います。