横から失礼します。
ぼくも議論するつもりはありませんが、後々このトピックをご覧になる方のことも考慮して、但し書き的に意見を述べておこうと思います。
(1)Thunderbird 3 のアーカイブフォルダは、配下にフォルダしか持てないわけではない
例えば、「受信トレイ」のメッセージに対してメニューバーまたはコンテキストメニューから [アーカイブ] を実行した場合、アーカイブフォルダ配下に年代別のフォルダが自動生成され、そこに移動されます。
一方、年代別の分類だけでなく、項目別のフォルダ(例えば「PJ-1」「PJ-2」とか)を、アーカイブフォルダ配下に任意に作成することもでき、ユーザーが手動で仕分けすることも可能です。
同様に、任意のメッセージをアーカイブフォルダの直下に置くこともできます。
アーカイブフォルダとはいっても、そんなに特殊なものではなく、普通のフォルダと同じような自由度があります。
以上から、アーカイブフォルダの直下にはフォルダしか存在しない、という前提条件は成立しません。
したがって、アーカイブフォルダに対するメッセージ検索において、他のフォルダに対するのと同様にサブフォルダに対するコントロール(有効・無効の任意設定)ができることは、まったく理にかなっています。
(2)メッセージ検索の初期値はサブフォルダを含む
アドオン類を何も入れないデフォルト状態の Thunderbird 3 のメッセージ検索(グローバル検索ではなく)は、
選択したフォルダ(つまり検索対象)に対して、
・右クリックしてコンテキストメニューから [検索] を選ぶ
・メニューの [編集] から [検索] -> [メッセージを検索] を選ぶ
・キーボードから [Ctrl] + [Shift] + [F]
――で実行できます。
このとき開く [メッセージの検索] ウィンドウは、
kiki さんが掲載してくださった画像のとおりです。
で、このときの初期値ですが、
・[次の中からメッセージを検索] のプルダウンメニューは、メッセージ検索を起動したときにフォーカスのあったフォルダが選択された状態。
・[サブフォルダも検索する] デフォルトで [有効]、つまりチェックボックスにチェックが入った状態。
――になっています。
| むしろ、サブフォルダのチェックを外して検索しても、
| 次回起動時にはチェックが入った状態で起動されるので、
| そっちのほうが面倒なぐらいです。(≒ユーザーの最後の選択を記憶してほしい?)
具体的にいえば、
フォルダペインで、あるアカウントのアーカイブフォルダを選択してメッセージ検索を起動させると、
・[次の中からメッセージを検索] のプルダウンメニューで当該アカウントの [アーカイブフォルダ] が選択。
つまり親フォルダです。
・[サブフォルダも検索する] にチェック。
つまり親フォルダ配下の全サブフォルダを含んで検索対象にしています。
――この状態でメッセージ検索ウィンドウが開きます。
hoyajit さんが希望される動作が「あるアカウントのアーカイブフォルダを対象にメッセージ検索を実行する場合、初期状態でサブフォルダを含めてほしい」ということであれば、Thunderbird 3 の標準状態では完全に実現されていますので、いまさら本家にリクエストする必要はないと思います。
しかし、もしこのような動作になっていないのであれば、何かの問題が起こっていると推測されます。
すでにアドバイスされているように、セーフモードや新規プロファイルでの動作確認をお勧めします。
(参考)不具合診断チャート
http://wiki.mozilla.gr.jp/wiki.cgi?page=chart