Linux firefox 3.6 で javaplugin のインストールに関して、plugins フォルダが見あたらないのですが、
どうやって動作させるのでしょうか？

時間が経っているので、もうご覧になっておられないかもしれませんが...。

・Firefox 3.6 以降のバージョンで Java 6 Update 10 以降が必要なのはなぜですか。
http://www.java.com/ja/download/faq/fir ... plugin.xml

↑という事情があり、例えば Fedora のコミュニティでは↓このようなやりとりがあります。

・Fedora Users Forum
http://fedora.forums-free.com/firefox-3 ... -t254.html

お使いの Linux のディストリビューションや Java Runtime Environment のバージョンなど具体的な要件がよくわからないし、ぼく自身ごくたまにしか Linux に触らないのでスキルもないし、抽象的なコメントしか付けられなくて申し訳ありませんが、多少なりとも参考になればということで。
※すでにご存知の情報であれば、この書き込みは無視してください。

【その他、一般的な情報】
・Java プラグイン利用ガイド（Mozilla）
http://support.mozilla.com/ja/kb/Using+ ... th+Firefox
・Java ヘルプセンター（Sun Java）
http://www.java.com/ja/download/help/

CentOSやFedora、Redhat系なら以下の手順で利用可能になると思います。
JREを入れて、/usr/lib/firefox-3.x.x/plugins とか、FirefoxがインストールされているところのpluginsにJREのプラグインのシンボリックリンクを貼るだけです。
http://ytooyama.spaces.live.com/Blog/cn ... !412.entry

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#なお、これから質問される時はお使いの環境と製品のバージョンを含めるように気をつけてください。
質問によっては環境が書かれていなくとも推測できるものもありますが、
お使いの環境が重要な情報となる質問の場合、余計な時間がかかりますので、気をつけていただければ幸いです。