はじめまして。
以下、時系列で状態をまとめてみます。
解決策をアドバイスいただければと思います。

①当初、outlookexpressを使っていた。
②outlookexpressの送信がおかしくなり（※1）、Thunderbirdに変更を決意
③手探りで設定を行い、Thunderbirdがなんとか使えるようになる。
④outlookexpressの送受信フォルダーをThunderbirdに移行したく、いろいろやってみる。（※2）
⑤途中Thunderbird内で、アカウントの設定？で個別受信フォルダを作成。
⑥以降、作成した受信フォルダに、メールが届くようになる。
⑦何を思ったか、作成した受信フォルダを削除。
⑧それ以降受信が出来なくなる。
⑨結果、どうなっているのか理解できないが
　受信・・・outlookexpress
　送信・・・Thunderbird
と使い分けざるを得ない状況が続いている。（※3）

※1・・・通常メールは送信できるが、データを添付すると「送信できませんでした」の表示（実際は届いている）
※2・・・結局ごちゃごちゃで、どれがどれだけ移行できたか不明
※3・・・Thunderbirdで「受信」をクリックすると「popサーバーのパスワード入力」表示が出る。
　　　　　該当パスワードを入力するも「パスワードを送信できませんでした」の表示。

■今後Thunderbirdで送受信を行うには・・・・。
　どうしたらよいでしょうか？

なにか手がかりでもつかめればと思っております。
お助けの程何卒宜しくお願い致します。

□PC／windowsXP
□サンダーバード／2.0.0.23

Outlook Express（以下、OE）から Thunderbird（以下、Tb）へ移行なさったご事情や経過の概要はよくわかりましたが、具体的にどのような操作・設定をなさったかがわかりません。
以下、ご提示の文面からの推測になりますが...。

件名の現象を誘発した直接のきっかけは、ご自身で書いておられるように、

だと思いますが、この「受信フォルダ」が何を指しておらるのかがはっきりしません。
「受信トレイ」？　…これだけを削除はできないはず。
「自分で作ったフォルダ」？　…削除はできるがそれで受信不能になるとは考えにくい。
「アカウント」？　…削除はできるが送受信とも不可能になるはず。
　その他　？

また、以下の流れを拝見する限りでは、


Tb の導入から初期設定の段階で、すでにトラブルの遠因が形成されていた可能性も否定できません。
インストールは、こちら↓の手順できちんと行いましたか？
http://mozilla.jp/support/thunderbird/start/windows
（一般的には、インストール後の初回起動時に「設定移行ウィザード」が開き、これまで使っていた OE のデータをインポートできるはずです。）

Tb を導入されて間もないため、操作等を上手に説明できないのは無理もないかもしれませんが、
こちらも、実行なさった手順やどこをどう設定したかなどの具体的な条件がわからないと、要点を絞ったアドバイスはやりにくいです。
全体的には、ご自身でおっしゃっているように、Tb の設定などがごちゃごちゃになっている可能性が高いと思います。
で、それを解決しようと、よくわからないながらに弄り回して、逆に傷を深めているような感じがします。
ですから、思い切ってインストールし直すほうが、解決が早いのではないでしょうか。

【提案】
＊ Tb をクリーン・インストールする。
　　｜ 通常の再インストールでは、後々の再利用を考慮してプロファイルが残ったままですが、
　　｜ クリーン・インストールは本体とプロファイルを完全にアンインストールし、
　　｜ まっさらの状態でインストールし直すことです。（プロファイルのバックアップは別途必要）
＊アンインストールする前に、いま使っているプロファイルのバックアップをとっておく。
　　｜ プロファイルは、ユーザーデータ（メールデータなど）が保管されている場所です。
　　｜ プロファイルをフォルダごと別の場所にコピーし、保管しておくことで、
　　｜ これまで送受信したメールデータなどを、あとから救い出せる可能性が開けます。
　※ Tb のプログラム本体とプロファイルの 2 つは、別々の場所に存在します。
　
【参考】
Thunderbird のプロファイルの場所
http://mozilla.jp/thunderbird/2.0.0.23/ ... #uninstall
アンインストール方法 (Windows)
http://mozilla.jp/support/thunderbird/kb/002597
ナレッジベース: 包括的なデータ移行支援
http://mozilla.jp/support/thunderbird/kb/002654

以上、お望みの答えとは違うかもしれませんが、何かの参考にでもなれば。

偶然的通行人　様

こんにちは。
この度は具体的な操作の記述がないにもかかわらず
ご丁寧にアドバイスを頂きマコトに有難うございます。
以下、アドバイスを参考に作業を進めてみました。

①プロファイルの削除・・・・
　「Documents and Settings」の中から該当する（？）2つのショートカット？？を削除。
　i）Mozilla Thunderbird
　ii）Mozilla Thunderbird ( セーフモード)

②プログラムの削除
　「プログラムの追加と削除」よりMozilla Thunderbirdをアンインストール

③Mozilla Thunderbirdのインストール
　
以上の手順で実行。

【結果】
①Tbを立ち上げると・・・・残念ながら、過去の送受信トレーが立ち上がる。
　（※推測するに、プロファイルが削除できてない→もう一度頑張ってみます。）

②受信が出来た！
　新着メールの受信をしました・・・・・・。
　
　★しかしながら、受信のボタンアイコンをクリックすると
　
「パスワードを入力してください」
　「pop*****.comサーバの（○○○）ユーザのパスワードを入力してください」
　の文字がでる。

　該当パスワードを入力するも
　「警告！パスワードを送信できませんでした。pop****.comからの応答　authorization failed」の表示が出る。

　続けて
　「ユーザ（○○○）のpop*****.com用の新しいパスワードを入力してください」の表示ガでる。

　該当パスワードを入力するも
　「smtp*****.comサーバの（○○○）ユーザのパスワードを入力してください」
　の文字がでる。

　該当パスワードを入力するも
　「警告！パスワードを送信できませんでした。smtp****.comからの応答　authorization failed」の表示が出る。


　これの繰り返しです。
　右上の×ボタンを押すと収まります。
　現状このような状態です。
　
　上記の解決策があれば、改めてご助言いただけるとありがたく思います。
　何卒宜しくお願い致します。

　この度はご丁寧に有難うございます。
　

クリーン・インストールについて

これは明らかに間違いですね。こちらをよく読んでみてください。
http://mozilla.jp/thunderbird/2.0.0.23/ ... #uninstall

プロファイルのある場所は Windows の隠し設定になっていることがあります。
その場合、Windows エクスプローラから、
[ツール] -> [フォルダオプション] -> [表示] とたどり、
[詳細設定] -> [ファイルとフォルダの表示] で、[すべてのファイルとフォルダを表示する] を選択
すると、表示されるようになります。

Windows エクスプローラからプロファイルを操作するのは、バックアップをとっておくことが主目的です。
プロファイルを削除するだけなら（これまで Tb で送受信したメールはなくなってもかまわないのなら）、先に紹介したアンインストールについての説明ページの手順を全部実行すれば、プロファイルは削除できます。
小うるさいことを言うようですが、最低でも前便で挙げたリンク先（ 4 カ所）、または
http://mozilla.jp/support/thunderbird/
の中で関連しそうな箇所に目を通し、これからやろうとしている手順やその意味の概要を頭に入れてから、個々の作業を丁寧に行われるよう進言いたします。

エラーメッセージについて

受信サーバーへの接続認証に失敗しているようです。

こっちは、送信サーバーへの接続認証に失敗しているようです。（受信操作で smtp ？？）
（参考）
http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?p=15776

[受信] ボタンをクリックしてからの流れで、smtp の認証を要求されるのがよくわかりませんが、Tb のサーバー関係の設定が根本的におかしくなっているのかもしれません。
現在のプロファイルで、受信できたりできなかったりするのが、いまいちわかりませんが、複数のアカウントのうち、正常に設定できているものと、そうでないものがあるのかもしれません。
　　｜ Tb は、複数のアカウントがある場合、決まった順序で逐次的にアクセスするのではなく、
　　｜ 可能な限り同時並行的にアクセスしようとするようです。
　　｜ だから、接続が確立できる順序が毎回同じとはかぎらないようです。
　　｜ このことから、起動時に受信できたり、できなかったりが、不規則に現れるのかもしれません。
最初は問題なく受信できていたのに、途中からおかしくなったのなら、Tb をさわっているとき、誤って設定を変更してしまったことも考えられます。
一般的には、プロバイダから指示された [サーバー名] や [ユーザー名] 、サーバーの [セキュリティ設定] もそのプロバイダに対応したものが正しく設定され、初回の [パスワード] 要求に正しくパスワードが入力されていれば、以降は普通に受信できるはずです。
クリーン・インストールするにせよ、現状のまま設定を見直すにせよ、上述の箇所（アカウント設定のサーバー関連の部分）は、とくに念を入れて点検したほうがいいと思います。

その他
“手探りで”“いろいろ”“ごちゃごちゃ”やった結果として複数の問題が錯綜していそうだったで、そういう状態を部分的にいじって当面の問題だけを解決するよりは、もう一度最初から正しい手順でインストールしたほうが後々のトラブルを防げるだろうと考え、クリーン・インストールの方法を提案させていただきましたが、どうするかは tamotsu さんのご判断しだいです。
こちら や前述の Thunderbirdサポート などを参考に対策なさってもかまいません。

また、ぼくが見落としていることがあるかもしれませんから、他の方々からのアドバイスを待ってもいいと思います。
　＞ みなさん、よかったらフォローお願いします。

偶然的通行人　様

こんにちわ。
度重なる丁寧なアドバイス有難うございます。
知人に調べてもらった結果、

【原因】
ユーザー名がメールアドレスになってなかった

【解決策】
ユーザー名をメールアドレスに設定

これで、パスワードの入力画面がクリアになりました。
アカウント名とユーザー名を混同しておりました。

初歩的な設定ミスでいろいろとご尽力おかけして申し訳ございません。
今回アドバイス頂いた内容に関しては、しっかりと自分のものに出来るように
していきたいと思います。

特にプロファイルの検索・・・・（いまだ探し中！！）は
今後のこともあるのでしっかり保存できるように（そして必要に応じて削除できるよう）
していきたいと思っております。

この度は本当にいろいろと有難うございました。

tamotu