表題の環境で、同じメールを何度もダウンロードしていまい困っております。
同僚とメールを共有しているため、アカウント設定上で「ダウンロード後もサーバにメッセージを残す」ように設定しております。
同様の設定で以前は問題なく、各メール1度しかダウンロードしませんでした。当時使用していたサンダーバードのバージョンは覚えておりませんが、改めて2．0.022をインストールしたところ上記のような問題発生しています。当時も今も同じPCを使用しております。

解決策ありますでしょうか。
よろしくお願い致します。

　
もう少し詳しい情報を教えてください。
・ある特定の日時以降のメールをすべて繰り返し受信するのか
・サーバにあるメールをすべて繰り返し受信するのか
・繰り返し受信するメールは特定のものだけか

スパムなどの不正なメールがサーバにあるとそのメール以降の新着フラグがお
かしくなることがあるようです。
特定の日時以降のメールを繰り返し受信する場合はその日時前後のメールで不
正なものがないか確認してみてください。

ご利用のサーバが Web メールサービスを提供していてブラウザでアクセスでき
るのならば受信ボックスにある不正らしきメールを別のフォルダを作成して移動
させてみてどうなるか確認してみてください。
＊一時的な対処ですので確認できたら後で戻すなど必要な処理をしてください。


それでも再現するようならば以下の方法で問題を切り分けてください。
　
１．Thunderbird のセーフモードで起動して再現するか確認
　　再現しないのならアドオンが怪しいです。
　　セーフモードについては以下を参照。
　　「トラブルシューティング - Mozilla Thunderbird 2.0.0.22 リリースノート - Mozilla Japan」
　　http://mozilla.jp/thunderbird/2.0.0.22/releasenotes/#troubleshooting

２．popstate.dat をバックアップ移動して再現するか確認
　　popstate.dat はメッセージのダウンロード情報を記録しているファイルです。
　　これを別の場所に移動することで初期状態になり、サーバにあるメッセージを
　　すべて再度受信します。
　　これでも同じメッセージを何度も受信するとしたらこのファイルは正常と思われ
　　ます。
　　popstate.dat はプロファイルフォルダ内の Mail フォルダ配下のアカウントフォ
　　ルダ毎にあります。

　　プロファイルの場所　[Windows Vista]
　　　C:\Users\<ユーザ名>\AppData\Roaming\Thunderbird\<profile folder>\<profile>

３．上記１．２．でも再現するのならば新規プロファイルを作成してそれを適用して
　　みる。
　　新規プロファイルの作成方法は以下を参照。
　　これで再現しなければそれまでのプロファイルに不具合がありそうです。
　　「プロファイルの作成」
　　http://www.mozilla-japan.org/support/thunderbird/profile#new

４．クリーンインストールで確認
　　バージョン 2.0.0.22 にしてからおかしいということですので念のため一旦アン
　　インストールして以下のフォルダを削除して綺麗にします。
　　その後 PC を再起動してから再度インストールして再現するか確認です。
　　　注：プロファイルフォルダは削除・移動しない。
　　　C:\Program Files\Mozilla Thunderbird
　　　C:\Documents and Settings\[user name]\Local Settings\Application Data\Thunderbird