あまり気にしていなかったのですが、ブックマークに追加した際には、登録されているのですが、
終了し、次回に立ち上げた場合に、それが保存されていません。

プロファイルのフォルダーの中にあるbookmarks.htmlが1ヶ月くらい更新されていなのが
原因かと思います。
ちなみにこのファイルは読み取り専用でもありません。

このような不具合を解消された方、アドバイスをお願いします。
OSはWindows XPです。

Firefox 3ではbookmarks.htmlは使われません。

以下、項目１からお試しください。
http://wiki.mozilla.gr.jp/wiki.cgi?page=chart

[おまけ]
http://wiki.mozilla.gr.jp/wiki.cgi?page=Firefox+3guide

以下、項目１からお試しください。
http://wiki.mozilla.gr.jp/wiki.cgi?page=chart

上記をの手順で、プロファイルを新たに作成。
以前のbookmarks.htmlをコピー
places.sqliteのファイルを削除
bookmarkbackupsのフォルダーを削除
firefoxを起動

の手順でブックマークが登録可能となりました。
ありがとうございました。