thunderbird2.0.0.14
OSはＷＩＮ 2000
を使用しています。

使用していたプロファイルＡとは別に
新たにプロファイルＢを作成したのですが、
やはり不要でしたので、プロファイルＢを選択し“プロファイル削除”をクリックしたのちに、
「プロファイル登録だけ削除」「ファイルも削除」「キャンセル」と項目がでたので、
「ファイルも削除」をクリックしましたところ、プロファイルＡのデータも消えてしました。

よって、受信メール等全てが消えてしました。

一度削除してしまったプロファイルデータは復元できないのでしょうか？

どうぞ、宜しくお願いします。

メールデータや設定等のファイルはプロファイルフォルダに保存されています。
Windows 2000　の場合、下記のパスの "Profiles" フォルダの中に
あなたのプロファイルフォルダがあります。

C:\Documents and Settings\<ユーザ名>\Application Data\Thunderbird\Profiles\

プロファイルフォルダは xxxxxxxx.default の表記になっている思います。
(xxxxxxxx はランダムな英数字)
プロファイルフォルダ (xxxxxxxx.default というフォルダ)が有るかどうかを確認して下さい。
"Profiles" フォルダの中身が無い (xxxxxxxx.default というフォルダは無い)という場合は
ファイルを復元するソフトなどで復旧するしかないと思います。

なお、Application Data フォルダは隠し設定となっていますので、
以下リンク先を参考に隠し設定を解除して下さい。
隠しプログラムやシステム ファイルの表示

プロファイルＡとプロファイルＢは同列に有ったのですね、きっと。
profilesmanagerで「ファイルも削除」を選択すると、profilesを含む上位のフォルダごと削除されます。なので、一緒に消されたのでしょう。

私も過去に同じ失敗をして、profilesを含む上位のフォルダ内部の大事なファイルも一緒に消された苦い経験があります。
通常の削除(但し、ゴミ箱を経由しない)と同じのようで、救出方法は無いようです。

削除ファイル復元ソフトを使えば何とか、でしょうが、時間がたつと復元不可です。

profilesmanagerでのプロファイル削除の危険性は、firefoxも同じです。

プロファイルマネージャでの操作で、消したいユーザプロファイルを選択して「プロファイルの削除」を実行して、次のウィンドウで「ファイルも削除」を選択した場合、消去対象になったユーザプロファイルとそれに関するファイルのみが削除され、存在する他のユーザプロファイルには影響しないはずです。

少なくとも私の環境、Mac OS X, Windows XP SP2 共そのように振舞います。
例：登録しているユーザプロファイルは default と Profile-A
・プロファイルマネージャを起動
・消去したいユーザプロファイル default を選択、「プロファイルを削除」をクリック
・消去情報ウィンドウで「ファイルも削除」をクリック
プロファイルマネージャのウィンドウでは Profile-A のみが表示されます。

すべての登録したユーザプロファイルが全て消去されるというのは、何かおかしなことが起きているように思います。

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POCH さんのレスを参考に、Profiles を探し、そのフォルダ内に “プロファイルＡ” が残っているか確認してください。
“プロファイルＡ” が無ければ消去されています。この場合は、状況によってはファイルリカバリソフトで復活させられる可能性はあります。

“プロファイルＡ” が確認できたら、次に Profiles の中に Profiles.ini というファイルを見つけます。
Profiles.ini をテキストエディタで開き、内容が以下のようになっていなければ修正します。


※ プロファイルA は実際のプロファイル名に置き換えてください。

プロファイルA が存在して、Profiles.ini が上記のように記載されていれば、プロファイルA を使用して Thunderbird が起動するはずです。

>すべての登録したユーザプロファイルが全て消去されるというのは、…

「プロファイルの削除」の最終メッセージが、「プロファイルのデータファイルも一緒に削除してよいですか？」と有りますが、それに対する「はい」「いいえ」のボタンが無く、初めての人には理解ができません。
問いの「プロファイルのデータファイルも一緒に削除する」とボタンの「ファイルも全て削除」が同じとは理解しがたいのです(パソコン業界特有の変な言葉)。
一般的には、最終メッセージは安全方向に導き、「はい」を押せば、順当に進む設計がなされるべきです。

ここで、真ん中の「ファイルも全て削除」を押せば、profailesを含む上位フォルダを全て消し去ります。

ご質問者の場合では、推定ですが、フォルダ_AにプロファイルＡとプロファイルＢがあって、プロファイルＡを削除しようとして、最後に「ファイルも全て削除」を押して、フォルダ_Aが消された(結果的にプロファイルＡとプロファイルＢも）という現象だと思います。

Hide　さん；
>存在する他のユーザプロファイルには影響しないはずです。
>すべての登録したユーザプロファイルが全て消去されるというのは、何かおかしなことが…
もちろん、ディレクトリ構造をまたがっては影響しませんが、上に書いた事例は、
同一フォルダにいくつかのprofilesを保存したり、他の大事なデータを一緒に保存すると、意図しない消去事故を招く例で、私はfirefoxで痛い目にあった、ということが先の投稿内容です。

Windows 2000 や XP で Profile Manager を起動して新規プロフアイル作成手順に従って
プロファルを作成した場合("フォルダを選択" を選んで別途任意の位置に作成しない)は
下記のパスの "Profiles" フォルダの中に新規プロファイルが作成されます。

C:\Documents and Settings\<ユーザ名>\Application Data\Thunderbird\Profiles\

"Profiles" を開くと xxxxxxxx.default とか zzzzzzzz.Default User とか言う名称の
プロファイルフォルダがあります。
これらは Profile Manager のデフォルトの動作で作成されたプロファイルフォルダです。
これらを Profile Manager にて削除した場合の動作は Hide さんの書かれている動作となるかと。

ここで注意事項ですが、"Profiles" フォルダ とプロファイルフォルダは
別の意味(別のフォルダ)である事を理解して下さいね。
あと、細かい事を言いますが profilesmanager ではなく Profile Manager です。

で、たとえば、"Profiles" フォルダ = プロファイルフォルダ と考えた人が居て、
Profile Manager を起動して新規プロフアイル作成手順に従ってプロファルを作成するのですが、
"Profiles" フォルダと同じ所に新規のプロファイルフォルダを作ろうとして
"フォルダを選択" を選んで上記パスの "Thunderbird" フォルダを選択してしまうと、
"Thunderbird" フォルダの中に新規プロファイルの構成ファイルとフォルダを作成してしまいます。
"フォルダを選択" で "Thunderbird" フォルダ自体を
プロファイルフォルダとして選択した事になるので当然なのですが・・・。
この後、Profile Manager を用いて新規のプロファイル(= "Thunderbird" フォルダ)の方を「ファイルも全て削除」を
選択してしまうと "Thunderbird" フォルダごとごっそり削除して、
新たに "Thunderbird" フォルダを作成してしまいます。
なので、元々有ったプロファイルフォルダも無くなります。
(通常はこうした設定にはしないと思いますが・・・やっちゃったら、無くなります。)
tama さんの言っていた「上位デレクトリごと削除された」や「同列」と言っていたのは
この様な挙動の事ですか。

プロファイルフォルダ の場所をカスタマイズした場合、以下に注意事項があります。
(デフォルトで作成される場所が無難です。)
ファイルの削除を選択しない方を推奨してます。

Profile Manager -Deleting a profile - MozillaZine Knowledge Base

POCH さんの説明で理解できました。
カスタマイズでプロファイルの作成ディレクトリを Firefox フォルダや Profiles フォルダを選択するという発想がなかったもので、どうやったら default プロファイルが消えるのだろうと思っていました。

もしユーザプロファイル B を作成する際に"フォルダを選択"で Profiles フォルダを選択してしまった場合は Profiles フォルダ自体が ユーザプロファイル B になってしまうので、「ファイルも削除」を実行すると Profiles 内の全内容が消去されてしまいますね。
同様に、"フォルダを選択" でボリュームを指定してしまうと、ボリューム自体が ユーザプロファイル となって、「ファイルも削除」を実行するとボリューム内全てが消去されます。

ちょっと実験してみましたら、Mac OS X の場合、ログインユーザの Home 自体も指定できるので、こんなことをしたら「ファイルも削除」で Home の内容も消去できるかもしれません。（怖くて試せませんが、Home 内の大部分が消去できると予想します）

プロファイルの消去プロセスよりもクリエイトのほうに問題があるように思いますが。
カスタマイズは "フォルダを選択" ではなく、"新規ユーザプロファイルフォルダを作成して保存先を指定する" でなければいけないのでは。