ご指導お願いいたします。
外付けのハードディスクにメッセージの保存先を変更したいのですが設定をどこから変更したらよいのでしょうか？

OS は Windows でしょうか?
Thunderbird を起動して、ツール->アカウント設定で各アカウントの「サーバ設定」の
「メッセージの保存先」で任意に設定出来ます・・・が、
以前、保存先の変更に関するなトピがありましたので、そちらのアドバイスも参考にして下さい。
こちらで、紹介されている様に Profile の場所を変える方法がよろしいのでは?

mozillaZine 日本語版 - メッセージの保存先を変更してみましたが機能しません。
http://mozillazine.jp/forums/viewtopic.php?t=5720