※質問するときは、「フォーラムの利用に関するご案内」、とりわけ「質問するときは」に目を通し、OS の種類や Thunderbird のバージョン、アカウントは IMAP か POP かといった使用環境についての最低限の情報を書き添えることをお勧めします。横から失礼します。
ご利用の環境条件や運用上の背景説明などがないので、具体的なことは申し上げられませんが、もし HTML 形式でメッセージを作成なさっているのなら、リリースノートに書かれた次の事項が関係しているのかもしれません。
引用:
メッセージ編集画面で Return/Enter キーを押すことで、初期設定で新段落を挿入するようにしました。(改行は Shift+Enter で挿入できます)
(参考)・Thunderbird 45.0 リリースノート
https://www.mozilla.jp/thunderbird/45.0/releasenotes/(補足)
HTML 形式のメッセージでは、改行や段落は HTML タグで制御されます。
これまで、HTML 形式でのメッセージ作成画面の初期状態では、[Return / Enter] キー押下時に <br> タグを挿入する仕様でしたが、45.0 からは <p> タグが挿入されるようになりました。
メッセージ作成ウィンドウの [件名] の下にある [書式ツールバー] の左端にある項目の初期選択が、45.0 では [段落 <p>] になっているのがそれです。ちなみに、以前のバージョン(38.x 以前)の初期値は、[本文のテキスト] になっています。
リリースノートに書いてあるように、[Shift] + [Return / Enter] で従来通り <br> タグの挿入に切り替えられますし、新規メッセージを書き始める前に、[書式ツールバー] の [段落 <p>] を [本文のテキスト] に切り替えてから書き出せば、従来なみの操作でいけると思います。
一方、プレーンテキスト形式でご質問のようなことが起こっているのなら、何らかの障害が発生しているのかもしれません。この場合、もう少し具体的な状況説明を追記していただいたほうが、アドバイスが寄せられやすいと思います。
とりあえず以上です。的外れな話だったらすみません。