雑談フォーラム [Thunderbird 3 ] スレッドペインの表示項目設定がフォルダ毎に あたりからの流れです。
テストはかなり以前に行なっていたのですが、レポートにまとめるのが遅くなりました。( ´Д｀ ; )

【前置き】
Thunderbird 2.0 系では、スレッドペイン（メッセージ一覧が表示される右上の窓）のカラムヘッダの表示項目（件名、送信者／差出人、受信者、受信日時、送信日時、スレッド、既読など）の表示／非表示とその並び順は一括して登録されていたため、フォルダごとに表示状態を調整することはできませんでした。
Thunderbird 3.0 系では、フォルダごとにカラムヘッダの調整が可能になりました。その半面、複数フォルダのカラムヘッダを一括してそろえたり変更したりすることが難しくなってしまいました。
現状では、Thunderbird 上で一括操作する方法はありませんので、とくに多くの既存フォルダを持っているユーザーは、フォルダごとに一つずつ設定しなければならず大変です。
これは、表題の件についての体験レポートです。（実施環境＝ Windows XP SP3 + Thunderbird 3.0 ～ 3.0.1）

【概説】
ヒントになるのは、フォルダを新規に追加する場合の動作です。
送信系フォルダについては完全に既定の初期値が適用されるみたいですが、受信系フォルダはその時点での「受信トレイ」の設定を引き継ぐようです。この動作を、既存フォルダに対して応用します。

このレポートで紹介する方法のポイントは、msf ファイルです。
msf ファイル（例：Inbox.msf）はメッセージ本体（例：拡張子なしの Inbox）の要約ファイルの役割を持っていますが、Thunderbird 3.0 系からはフォルダごとのスレッドペインのカラムヘッダ情報をも保持するようになりました。
ファイルの性質としてはテキストですが、かの mork 形式であり、テキストエディタで開いても簡単に書き換えられるものではありません。
ところが幸いなことに、msf ファイルの再構築は Thunderbird に任せることができるため、比較的簡単に実行できます。
これらのことから、受信系フォルダのみという制約はありますが、次のような手順で既存フォルダのカラムヘッダの表示を一括変更できます。

【手順】
（1）Thunderbird 上で、一括変更したいフォルダ群があるアカウントの「受信トレイ」のカラムヘッダを、希望する表示状態に設定します。
（2）いったん Thunderbird を終了します。
（3）エクスプローラなどのファイルマネージャでプロファイルを開きます。
（4）（1）の設定に合わせたいフォルダ（複数）に対応する msf ファイル（複数）を、プロファイル配下の Mail フォルダ内から削除（または移動）します。
（5）Thunderbird を起動します。
（6）削除（または移動）した msf ファイル（複数）が自動的に再生成されます。
　　　｜ このとき、メッセージの要約情報の再構築と同時に、
　　　｜ フォルダの新規追加と同じように（1）の設定が適用されます。
（7）それぞれのフォルダについて、メッセージの要約情報とカラムヘッダの表示項目が適正に反映されているか確認します。
（補）必要があれば、それぞれのフォルダについて微調整を行います。

【応用事例】
これを応用すれば、例えば次のようなこともできると思います。
あるアカウント下に No.001 ～ No.300 までの 300 個の既存フォルダがあり、A 、B 、C の 3 パターンのカラムヘッダ表示をそれぞれ 100 個に割り当てたい場合――、
・まず、A パターンで「受信トレイ」のカラムヘッダ表示を設定した上で、
　No.001 ～ No.100 の 100 個のフォルダに対応する xxx.msf を削除・再構築で一括設定。
・次に、B パターンで「受信トレイ」のカラムヘッダ表示を設定した上で、
　No.101 ～ No.200 の 100 個のフォルダに対応する xxx.msf を削除・再構築で一括設定。
・さらに、C パターンで「受信トレイ」のカラムヘッダ表示を設定した上で、
　No.201 ～ No.300 の 100 個のフォルダに対応する xxx.msf を削除・再構築で一括設定。
――という感じになります。
多少の手間は必要ですが、300 個のフォルダを一つずつ設定することを考えると、かなり楽だと思います。

【問題点と注意点】
明らかな問題点と注意点があります。
・メッセージの要約ファイルである msf ファイルを再生成させることから、メッセージに付けたタグ情報の一部が初期化されます。タグを多用している人は、タグ付け情報の維持か、カラムヘッダ表示の一括設定か、どちらを重視するか判断してください。
・グローバル検索を有効にしている条件下で、大量のメッセージを持つ複数フォルダをまとめて扱った場合、グローバル検索の索引更新に時間がかかるかもしれません。（ユーザー環境への依存度が高いので決定的なことは言えません。）
・少なくとも、事前に対象フォルダの「最適化」を行うなどの基本的なメンテナンスを済ませた上で、msf ファイルの削除・再構成を行うほうが、トラブルに遭遇する危険度を低くできると思います。
・何より、プロファイルを直接操作すること自体のリスクもあります。不安ならプロファイルのバックアップをとるなど予防措置をとってください。At Your Own Risk です。


【補足説明】
（A）スレッドペインのカラムヘッダの設定情報はどこに保管されているか
Thunderbird 2.0 系では、プロファイル内の localstore.rdf にまとめて登録されています。
Thunderbird 3.0 系では、プロファイル内の Mail フォルダ配下にある各 xxx.msf 内にそれぞれ登録されています。

（以下は、Thunderbird 3.0 系における記述です。）
（B）標準で存在するフォルダのカラムヘッダ表示の初期値
「受信トレイ」「送信トレイ(*)」「送信済みトレイ」「ごみ箱」など Thunderbird の既定のフォルダ群は、受信方向と送信方向で表示項目の初期状態が若干異なりますが、いずれもプログラム本体でプリセットされた値が使用されているようで、ユーザーが手軽に変更するのは難しいと思われます。（このあたりの技術的な詳細は、ぼくには分かりません。）
　(*) [ローカルフォルダ] にのみ存在する特殊なフォルダ

（C）ユーザーが追加したフォルダのカラムヘッダ表示の初期値
（1）アカウントの直下にフォルダを追加した場合
基本的に、当該アカウントの「受信トレイ」でそのときに設定されている表示状態を踏襲して生成されるようです。
（2）既存のフォルダの配下にフォルダを追加した場合
　（a）親フォルダが「受信トレイ」自身またはその配下である場合、そのときの「受信トレイ」で設定されている表示状態を踏襲して生成されるようです。以下、階層が深くなっても「受信トレイ」の設定の影響を受けるようです。
　（b）親フォルダが「送信済みトレイ」「下書き」「テンプレート」など送信系フォルダ自身またはその配下である場合、送信系フォルダの初期値で生成されるようです。そのときの送信系フォルダの設定は踏襲されないようです。

以上、メリットとデメリットを十分理解した上で、このレポートを参考にしていただければ幸いです。
※間違っている内容の訂正・補足、もっと簡単で安全な方法の紹介などの書き込みを歓迎します。