Thunderbird　3.0.3 においてもメッセージフィルタバグがあります。
Win7に、XP_SP2からフィルタを読み込んだ場合、縦スクロールバーの有無が表示に関係している昔からのバグが出てしまいます。
以下の再現ができましたので報告します。

①ほかのアカウントで「有効」チェックが見えていると、縦ルーラーがあっても見える場合があります。

②ところが、ほかの作業を1クリックすると、「有効」チェックは隠れてしまいます。

③フィルタの設定数を減らし、縦ルーラーを消すと、「有効」チェックが現れます。

などが再現されました。
いずれ、バグっぽいし、フィルタの設定数が制限されるので直してくださるよう願うばかりです。
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以前、以下のトピックで論議されていた問題かと思います。
参考までに一読下さい。

メッセージフィルタの「有効」チェックボックスが隠れて見えない