Windows7でthunderbird3を使い始めました。
前はXPでthunderbird2を使っていました。
２の時は受信したメールを別のフォルダに移しても、サーバ上のメールが移動するようなことはありませんでした。
３はフォルダに見えるのは、実は「ラベル」で、受信したメールのラベルをいじると、サーバ上のメールのラベルも変わるのでしょうか？

　
IMAP アカウントで同期する設定にされているのではありませんか。
　
＊製品名は thunderbird ではなくて Thunderbird です。