まず消失してしまったメッセージデータはサーバに残っていなかったら再度受信できない
のでほぼ取り戻すことはできないでしょう。
【余談として補足】 *こっちの方が長くなってごめんなさい。
3.0 にバージョンアップする段階で様々な不具合、トラブルが報告されているようです。
特にアカウント関連に多いようで送受信に支障が起きたり、フォルダペインの表示まわり
にも影響が出ているように見受けます。
これはバージョン 3.0 の新しいアカウント設定機能やフォルダペインの仕様変更が影響
を及ぼしているのではと推測します。
[参照]
無料メールソフト Thunderbird – 機能概要
Mozilla Thunderbird 3.0 リリースノート / 既知の問題
もうひとつはバージョン 1.0 からある仕様らしき問題です。
ローカルフォルダ(共通受信トレイ)とアカウント個別フォルダの構成はアカウント設定で
どちらかを選ぶようになっていますが、後からこの変更(切替)をする際には注意が必要
です。
それぞれフォルダに保管されているメッセージはあらかじめバックアップ保存するなどして
変更後に消失しないように移動またはコピー作業をしておくことが重要です。
(まったく新しいアカウントを作るのと同じくらいに考えておいた方が良さそうです。)
[参照]
Mozilla Japan - Thunderbird サポート - ナレッジベース - 共通受信トレイを使わず、アカウントごとにメールボックスを管理するには
Mozilla Japan - Thunderbird サポート - ナレッジベース - 共通受信トレイ
上記のドキュメントの内容は少し古くなりますが知っておいて損はないと思います。
またバージョン 3 は別物だというぐらいに受け止めておいた方が現状では良いかも知れま
せん。
ということで大切なメッセージデータは日頃からバックアップを取るとか、バージョンアップの
前にはプロファイルごとバックアップを取ってからおこなうとかがお勧めかもです。
*なんでもかんでもバックアップを取らないといけないような仕様なんて・・・・という愚痴とい
うか文句や苦情も聞こえてきそうですが・・・・(笑)