Thunderbird 3.0になってからは、受信トレイにある未読メールを全て読み終わると、なぜか受信トレイの既読メールが開いてしまいます。その時点で「Nキー」を押して未読メールの存在するトレイに移動しようとすると、移動しますかと確認はしてくれるのですが、「はい」を選択してもそのトレイに移動してくれません。

　

メッセージの閲覧方法はいくつかありますので補足だけ・・・。
・既存ウィンドウ内でスレッドペイン上で未読メッセージを選択してプレビュー表示した
　場合は別のフォルダに未読メッセージがあると移動して表示します。
・未読メッセージを新たなタブを開いて読む場合は別のフォルダに未読メッセージが
　あるとタブが閉じられて既存のウィンドウ内で移動して表示されます。
・新たなウィンドウで未読メッセージを開いた場合は別のフォルダに未読メッセージが
　あるとそのウィンドウはそのままで既存ウィンドウ内で移動して表示されます。

　
上記のどのケースにもあてはまらない場合は Thunderbird のセーフモード起動や新
規プロファイルの適用で確認してみるのをお勧めします。

　
ということで現状ではバグの可能性が高いのと修正対処（パッチなど）の目処も
ないので他の閲覧方法で未読メッセージを読むしかないようです。　
また 圭人 さんが言われているように後退バグの修正を重要視する場合はバー
ジョンアップを控えてサポート期間は Thunderbird 2.0.0.x を利用するのも選択
肢ですね。