へ さん、フォローありがとうございます。
英語能力が超ヘタレなので、機械翻訳などの助けを借りながら
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=533462
をざっと読んでみました。まさに、このバグだと思います。
ここに細かい話を書いてもしょうがないのですが、何かの参考にでもなればと思うので、ぼくが試したことを以下に書いておきます。興味のある方はご覧ください。
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【現象】
メッセージの添付ファイルとして送られてきた（あるいは送信済みの）テキストファイル（.txt / .csv / .html など）を、「開く」やダブル・クリックの操作で、直接アプリケーションから開こうとしても正常に開けません。
Thunderbird 3.0 + Windows XP SP3 で、新規プロファイルを作って試してみましたが、テキストファイルであれば、拡張子が txt でも csv でも html でも発生しました。
【対照】
一方、Word 形式（.doc / .docx など）や Excel 形式（.xls / .xlsx など）、PDF 形式（.pdf / .fdf など）、各種アーカイブファイル（.zip / .lzh / .7z / tar.bz2 など）のバイナリファイルは、添付ファイルを直に指定して、既定または選択したアプリケーションで問題なく開け（実行でき）ました。
【確認 1 】添付ファイルに対する設定の内容
Thunderbir 3.0 のオプション設定から [添付ファイル] を見ると、[ファイルの種類] に [mailbox] という項目があり、通常 MIME Type が表示される部分には [mailbox] としかありません。
この項目の [動作設定] に、添付のテキストファイルを開く際に選択したアプリケーションが列挙されています。
比較として、これまで使ってきた Thundrrbird 2.0.0.23 のオプション設定から、[添付ファイル] -> [動作設定の表示と変更] を見ると、[拡張子] [ファイルの種類] に [TXT] [テキストファイル] の項目があり、その [動作設定を変更] で内容を確認すると、MIME Type が [text/plain] となっていることが確認できました。選択したアプリケーションも、この項目に存在します。
Thunderbir 3.0 の mimeTypes.rdf に手を加え、text/plain / .txt という MIME Type / 拡張子を追加し、オプション設定の [添付ファイル] でも認識されていることを確認した上で、添付テキストファイルを開くことを試みましたが、mailbox リンクとしてしか認識されず、text/plain / .txt は無視されました。
【確認 2 】メールヘッダの付き方
（1）新規プロファイルで起動したデフォルト状態の Thunderbird 3.0 から、テキストファイル（ファイル名＝sample.txt）を添付したメッセージを、プレーンテキスト形式で送信。
（2）新規プロファイルで起動したデフォルト状態の Thunderbird 2.0.0.23 から、（1）と同様の条件のメッセージを送信。
（3）Thunderbird 3.0 と 2.0.0.23 でそれぞれ受信した（1）のメッセージのソース、とくに添付ファイル部分を確認。
｜ Content-Type: text/plain; name="sample.txt"
｜ Content-Transfer-Encoding: base64
｜ Content-Disposition: attachment; filename="sample.txt"
まったく同じで違いはありません。
（4）Thunderbird 3.0 と 2.0.0.23 でそれぞれ受信した（2）のメッセージのソース、とくに添付ファイル部分を確認。
｜ Content-Type: text/plain; name="sample.txt"
｜ Content-Transfer-Encoding: base64
｜ Content-Disposition: attachment; filename="sample.txt"
こちらもまったく同じで違いはありません。
以上から、少なくともデフォルトでは、送受信ともメールヘッダ自体に 3.0 と 2.0.0.23 で違いはなく、この点での不都合はないと考えられます。
【確認 3 】添付ファイルを開く際の挙動
（A）Thunderbird 3.0 で、添付のテキストファイル（sample.txt）をダブル・クリックまたは「開く」を実行すると、[プログラムを起動] という、2.0.0.23 までは見かけたことがないダイアログが開き、[このリンクは他のプログラムで開く必要があります] と、プログラムの選択を求めてきます。
このとき、下欄には、[今後、mailbox リンクは同様に処理する] のチェックボックスがあります。
（B）テキストファイル以外の添付ファイルでは、[ <filename> を開く] というダイアログが開き、[このファイルをどのように処理するか選んでください] として、[プログラムで開く] と [ファイルを保存する] の動作選択を求めてきます。
このダイアログの形状と動作は、基本的に 2.0.0.23 とほぼ同様です。
（C）上記（A）でテキストファイルを開く際のアプリケーション（※）をいろいろ選んでみましたが、いずれも「認識できない」などのエラーが出るか、単に新規ファイルを開くなどの結果となり、目的のファイルオープンに失敗しました。
（※）｜ EmEditor(6.00.4 Free)、Notepad++(5.6.1)、K2Editor(1.5.8 )、
｜ TeraPad(0.9.3)、VxEditor(0.7.5)、
｜ Cassava Editor(1.6.6)、
｜ OpenOffice Writer(3.1.1)、Firefox(3.5.5)
ただし、テキストファイルを開くアプリケーションとして、SeaMonkey(2.0) を選択すると、正常に表示することができました。
★
【確認 4 】ファイルオープンの動作がどのようにアプリケーションに渡っているか
（a）確認 2（1）の添付テキストファイル（sample.txt）を、確認 3（C）で唯一開けた SeaMonky 2.0 で開いてみる。
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（b）Thunderbird 3.0 から開いたとき、ロケーションバーに表示された URI
mailbox:///C|/Documents and Settings/<UserName>/Application Data/Thunderbird/Profiles/<ProfileName>/Mail/<AccountName>/Inbox?number=10639327&part=1.2&filename=sample.txt&type=text/plain&filename=sample.txt
（c）Thunderbird 2.0.0.23 から開いたとき、ロケーションバーに表示された URI
file:///C:/DOCUME~1/<UserName>/LOCALS~1/Temp/sample.txt
【考察】
Thunderbird 3.0 と 2.0.0.23 で、同一のメールヘッダを持つ添付のテキストファイルに対して、動作の違いがあることがわかりました。
出てくるエラーメッセージの表示内容は、受け渡し先のアプリケーションによって少しずつ異なるのですが、本質的には Thunderbird 3.0 から渡されるコマンドを正しく認識できていない感じです。
というか、Thunderbird 3.0 が、アプリケーション側が認識できない mailbox:// というプロトコル（？）形式でコマンドを渡しているようです。
この挙動を追ってみると、2.0.0.23 では添付ファイルをいったんテンポラリ領域に展開した上で、そのロケーションを受け渡し先アプリケーションに示しているように見えるのですが、3.0 ではメッセージ・ソース（の添付パート）を直接示しているように見えます。
これでは、たいていのアプリケーションは、Inbox ファイルの一部であるエンコードされたままの添付パートを選択的に開けないと思います。SeaMonkey が開けたのは、メールクライアントとしてのロジックを内部に持っているからかもしれません。
この動作を変更する設定を、標準のオプション設定はもちろん、about:config でも発見できませんでした。（探し方が悪いのかもしれませんが。）
この動作は、おそらく Thunderbird 3.0 のバグなので、修正が必要だと思います。
プログラミングの知識がないため、的外れな内容が含まれているかもしれませんが、実地検証部分で使えそうなところがあれば参考にしていただければと思います。
長くなりましたが以上です。
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