まずは以下を試してどこに問題があるのか切り分けてみましょう。
　
１．Thunderbird のセーフモードで起動して再現するか確認。
　　再現しないのならアドオンが怪しいです。
　　セーフモードについては以下を参照。　＊バージョン 3.0 でも同じです。

　　「トラブルシューティング - Mozilla Thunderbird 2.0.0.23 リリースノート - Mozilla Japan」
　　http://mozilla.jp/thunderbird/2.0.0.23/releasenotes/#troubleshooting

２．上記１．でも再現するのなら新規プロファイルを作成してそれを適用してみる。
　　新規プロファイルの作成方法は以下を参照。
　　これで再現しなければそれまでのプロファイルに不具合がありそうです。

　　「プロファイルの作成」
　　http://www.mozilla-japan.org/support/thunderbird/profile#new

　
＊質問・投稿する前に フォーラムの利用について をきちんと読みましょう。
＊環境として OS の種類、Thunderbird のバージョンぐらいは書き添えましょう。
＊質問した後は結果や経過を必ず書くようにしましょう。
　

１、２ 両方試しましたが改善しませんでした。

了解しました。

お使いの PC のデスクトップ用に標準（デフォルト）以外のテーマ（スキン）などを適用してい
ると不具合が起きる場合があります。
もしそうならば標準に戻してみてください。

それでもだめなら次の方法を。

【トラブル時のクリーンインストール手順】
通常の「プログラムの追加と削除」からアンインストールをおこなってから以下のフォルダを
削除してから再インストールする。

C:\Program Files\Mozilla Thunderbird
C:\Documents and Settings\[user name]\Local Settings\Application Data\Thunderbird
C:\Documents and Settings\[user name]\Application Data\Thunderbird
＊OS の種類が書かれていませんので Windows の例とします。
＊他の OS の場合はそれぞれ対応する場所に読み替えてください。

　

OS のテーマによってはアプリケーションに影響を及ぼすものもあります。
フォルダペインなどの文字色やサイズをテーマに左右されることなく固定化する方法は
別途あります。
このフォーラム内を userChrome.css 文字 色 サイズ などのキーワードで検索すればい
ろいろ出てきます。