使用バージョン：3.0 (RC4)
OS: Windows 7 Home Premium 32bit
画面DPI設定:デフォルト (100%)

ツール -> メッセージフィルタ　で出てくるダイヤログでの「有効」のチェックボックスの右側大部分が
隠れてしまい、チェックがついているか確認できず、変更もできません。
「フィルタ名」と「有効」の幅も変更できるようになっているわけではないようで、結局設定できません。

再現しません。

さしあたってフィルタ条件を縦スクロールバーが出ないくらいに減らして運用することにします。
V3以前は問題なかったので、本リリースまでに直っていればよいのですが。

このダイアログの初期表示の時にフィルタが17件以上有ると縦スクロールバーが現れます。
縦スクロールバーの有無で有効チェックボックスが隠れてしまうようです。

さしあたってフィルタ条件を縦スクロールバーが出ないくらいに減らして運用することにします。

V3以前は問題なかったので、本リリースまでに直っていればよいのですが。

フィルタ数が 23 ある Windows XP SP3 上の Thunderbird 3.0 RC2（全てデフォルト設定）では再現しませんでした。

力技ですが、ユーザースタイルシートで当該カラム（「有効」）の幅を強制的に広げることはできると思います。
（とりあえず簡単な例）　userChrome.css に下記を記述。
============================================
@namespace url("http://www.mozilla.org/keymaster/gatekeeper/there.is.only.xul");

#activeColumn { width: nnpx !important; }
============================================
nn は任意の数値。80 前後で調整してみてください。
ぼくのところの問題が発生していない環境でカラム幅が変更できることは確認しましたが、問題が起きている環境で状況が改善されるかどうかの確証はありません。

最初の表示で縦スクロールバーが表示されたとき、表示幅を間違ったまま記憶してしまい、表示位置の計算を間違っているような感じです。

これ、リスト自体がおかしい。

偶然的通行人 さんの userChrome.css でメッセージフォルタダイアログウィンドウを呼び出した時点では回避できています。

ところが、ウィンドウをリサイズすると…チェックマークが消えます。
[snip]
ここでスクロールバーを操作するとチェックマークは現れるんですが、同じ状況は何度でも再現できますね。
これ、リスト自体がおかしい。

先のスタイルは、単純に当該カラムの幅を強制固定してみただけなので、それでは根本的な解決になっていないということでしょう。
バグ登録されているかどうかはぼくも知りませんが、Thunderbird 本体の側できちんと修正してもらうべき問題ですね。
あまりお役に立てず申し訳ありませんでした。