検索フォルダを選択した上で、表示 -> 並べ替え順序 と辿ると、「スレッド」「非スレッド」「グループ化」の３つは文字が薄く表示されており、「非スレッド」の前に黒点がついているのですが、検索フォルダ中では、スレッド表示はできないという仕様なのでしょうか？

普通にスレッド表示しているように見えますが。メニューもグレーにはなりません。
おそらくバージョンとかOSが違うんでしょうね。

Win XP Pro SP2
Thunderbird 2.0.0.6 (20070728)

表示する仕様だと思いますよ。
うちでは表示されます。

OS:Windows XP Pro SP2
Thunderbird 2.0.0.6 日本語版

・Thunderbird のセーフモードで起動
・新規プロファイル
・クリーンインストール
の3点でも再現されるか確認してみてください。

参照：フォーラムの利用について

表示できない仕様かと思って、環境を書くまでも無いかな、と思ってしまったのですが、

Windows2000 5.00.2195 SP4
Thunderbird 2.0.0.6 (20070728)

です。まずはセーフモードで起動してみることにします。

検索フォルダのスレッド表示は、検索対象のフォルダが1個の場合にのみ可能です。
複数のフォルダを対象としている場合はスレッド表示できません。

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えむもじら

今頃になって再訪したら、長年の疑問が氷解しました。ありがとうございました。