当方でも同様です。

どんなメールでも必ず「受信トレイ」にて受信しますのでメッセージフィルタや迷惑フィルタで
振り分けしてもそのようになるようです。
見かけ上は「受信トレイ」を通過せずにスキップしたかのようになりますが、スキップしたの
ではなく、受信したという印みたいなものですね。
最初は違和感があるかと思いますがそういうしくみだと理解できれば慣れてくるかと。。。
　

そうですか。あきらめるしかないのですね。
次バージョンで解決されるのを心待ちにします。

フィルタは以前から設定していた、かつ、問題は起きていなかったので、
迷惑メールの設定のせいなのかと思っています。

動作として
・フィルタ：受信中に振り分け
・迷惑メール：受信完了後に受信トレイに対して迷惑メールのルール適用＋移動
というように見えるので、動作の方法が違うのか、と理解しております。

　

次の正式バージョンは 3 ですが、解決（仕様変更？）されるかどうかはわかりませ
ん。もし仕様変更が必要ならば開発陣に要望として伝えて納得させなければ着手
されないと思いますよ。


異なる設定といえば迷惑メールと判別されたメッセージは既読化する項目がオプシ
ョンにありますのでその違いでしょうか。
これって設定で有効にしてます？
　

当方でも同様です。

どんなメールでも必ず「受信トレイ」にて受信しますのでメッセージフィルタや迷惑フィルタで
振り分けしてもそのようになるようです。

メールが来ると「受信トレイ」が太字になり、未読数が括弧つきで
表示されますが、未読のメールがないにもかかわらず、
この数字が消えません。

当方でも同様です。

どんなメールでも必ず「受信トレイ」にて受信しますのでメッセージフィルタや迷惑フィルタで
振り分けしてもそのようになるようです。

確かに通常のメッセージフィルタで振り分けた場合は振り分け先のフォルダのみで
未読表示（新着表示）があるとまぎらわしくないかも知れませんね。

迷惑メールを既読化するオプションがあるんですか。
知りませんでした。デフォルトのままなので無効だと思います。
迷惑メールが未読で残ってるのはいやなので有効にします。
（アカウント設定のところでしか、迷惑メールの設定をしてなかった。
　オプションの中にもあったんですね。）

迷惑メールを振り分けたあとで既読にするオプションをつけてから、
再現しなくなりました。
なので解決、といえば、解決です。

右下に「未読1件　合計26件」というのも気になっています。
メール件数保持している部分が、おかしくなってる、ってことですよね、きっと。

「フォルダの最適化」を行ったところ、
合計２６件となっている部分であろうメールが出てきました。
で、未読のメールも１件ありました。
これでこの事象は解決、と思います。

もうしばらく様子見します。

ローカルフォルダ使用と未使用を途中で切り替えたことは無かったですか？
画像ではローカルフォルダは閉じた状態ですが、この中に受信トレイは無いですよね？

「ローカルフォルダ使用と未使用を途中で切り替えた」というのが
どういったことかわからないのですが、
ローカルフォルダには受信メールは一切来ていません。
ThunderBirdに移行した際に、ローカルフォルダは使わないようにしたためです。
一部保存しておくメールなどをローカルフォルダに移動させる、という運用をしています。