先日、バックアップファイルからメールデータを
移行した際、４ユーザからのメールだけが、
件名は正しく表示されているのに、メールの中身を見ようとすると
全て文字化けしている状態になりました。

対象ユーザを右クリックプロパティで文字コードを見ても、
他と同じISO-2022-JPです。

情報の中で要約ファイルの再構築というのが解決策に
よく上げられていたので、対象ユーザの右クリック→プロパティから、
索引を再構築とやってみると、次はタイトルすらみえなくなってしまいました。

対象ユーザのメールが保存されているファイルを確認すると、
ユーザ名のファイルとユーザ名.msfとあり、ユーザ名だけのファイルの
容量は０ではないので、メールデータは残っているような気がします。

手詰まりで困っているのですが、何か試せる事はありますでしょうか？

対象ユーザを右クリックプロパティで文字コードを見ても、
他と同じISO-2022-JPです。

ちょっとわかりません。
「対象ユーザ」をプロパティから文字コードを見る機能はありませんけど。

情報の中で要約ファイルの再構築というのが解決策に
よく上げられていたので、対象ユーザの右クリック→プロパティから、
索引を再構築とやってみると、次はタイトルすらみえなくなってしまいました。

これは直接関係ないと思います。
メッセージヘッダから要約ファイルを再構築する機能ですから元のヘッダがおか
しい場合には当然おかしいことになるでしょう。

対象ユーザのメールが保存されているファイルを確認すると、
ユーザ名のファイルとユーザ名.msfとあり、ユーザ名だけのファイルの
容量は０ではないので、メールデータは残っているような気がします。

その容量がゼロではないファイルをテキストエディタで開いて読めるかどうか確
認してみてはどうでしょう。

手詰まりで困っているのですが、何か試せる事はありますでしょうか？

メールデータをどのようにバックアップしたのかを具体的に教えてください。
またバックアップデータはちゃんと読めるものなのかを確認してください。
そしてどのようにバックアップデータをリストア（戻す）したのかもお願いします。

保存先のディレクトリ C:\Documents and Settings\User\....の
Thunderbird ディレクトリを丸ごとデスクトップにコピーしました。
そしてデスクトップのコピーを戻しました。

大半はＯＫなのですが、４つのフォルダ（４人分）だけが同じ状態になってしまいました。

その本文が文字化けする特定のメッセージに共通しているものを見つければ
何かわかるかもです。
例えばタイトル部分は ISO-2022-JP だが、本文は実際には Shift_JIS だとか。