＃スレッドというのは、メールヘッダのどこを見て、同じスレッドと判断しているのだろう？

件名を変えたら、新規スレッドとみなしてくれるようなアドオンは、ございませんでしょうか？

　

In-Reply-To と References でしょう。


うーん、見たことありませんが。。。
以下のアドオンを応用する方法なんかはどうでしょうか。　
Edit As New :: Thunderbird Add-ons
　

　
Edit As New は「新しいメッセージとして編集」用のアイコンボタンをツールバーに置いて利用しやす
く拡張機能でした。

In-Reply-To と References ヘッダをはずして返信すればいいわけですから新規メッセージを作成す
ればいいことになりますね。
返信時に件名を変えると新規メッセージと同じように In-Reply-To と References ヘッダをはずす拡
張機能は見当たりませんが、以下の操作で代用できるかと思います。

snipped
　

因みに、調べても見つからなかったのですが、「新しいメッセージとして編集」って何に使うのでしょうか？

　

その文言のとおりではないでしょうか。
何かしらのメッセージを選択した状態でないと機能しませんので既存のメッセージを元に
新しいメッセージとして作成する機能でしょう。

うまく構成されているメッセージを雛形として利用する際には便利だと思います。
作成した後にテンプレートとして保存して何度も再利用することもできますね。