店の注文メールなどは、題名が同じ場合があり、違う日に受信したものでも、題名が同じだと一つにまとめられてしまい、新着メールに気付かないという時があります。
そこで、同じ題名でも別々に表示させる方法はありますか？

Mozilla 製品には様々な種類があります。
Windows や Mac OS X だけでなく Linux などでも動作します。
どの製品と OS を使っているかよって問題の切り分け方が違なり、回答の仕方が異なります。
識者の方々からの的確なアドバイスを得るためにも、
質問には必ず製品名とそのバージョン、OS の種類を明示してください。
Thunderbird のサポートフォーラムに投稿されていますので
Thunderbird に関する質問とは思いますが・・・。
以下リンク先を一読下さい。
フォーラムの利用に関するご案内


上記の中で、「一つにまとめられてしまい」とありますが、
具体的にどう言った運用方法をされて "一つにまとめられて" しまっているのかを明示されると回答が得やすいと思われます。