はじめて投稿いたします。長文で失礼いたします。
Thunderbirdを２年前から使用しています。
使用環境は下記の通りです。
Windows XP SP3, Thunderbirdバージョン 2.0.0.18 (20081105)　

１．複数のフォルダを使用。
２．「サーバー設定」の「詳細」では「共通受信トレイ（ローカルフォルダアカウント）」にチェック。
３．現象
最近、バックアップをとるために、プロファイルのコピーを行っているときに、ローカルフォルダの受信メールがある期間（約１年間）のものがなくなっていました。何かの原因で消失したものと考えましたが、各フォルダを調べてみると、消失している期間が異なっていました。さらに不思議なのは、あるフォルダだけすべての受信メールが残っていました。送信済みもある期間のものがなくなっています。
４．復元作業
バックアップに残っているローカルフォルダのInbox msfの削除、再起動、セーフティモードでのプロファイルの新規作成なども行いましたが現象は変わりませんでした。

メール変換そD2 などを使用して変換してみましたがやはり一定期間なくなっていました。一つのフォルダが完全であることは、ローカルフォルダの復旧も出来るのではないかと考えいろいろ試行錯誤していますが、いまだに復帰いたしません。このような現象について対策をご教授頂けませんでしょうか。よろしくお願いいたします。

おそらく、Inboxの最適化をされて、いなかったのでは？
*.msfを全て削除してみて、Mozilla Thunderbirdを再起動では？
これで、ダメなら、ヘビーなことになってます。
私は、救えた例が無いので・・・
かくフォルダーへの最適化は定期的に行う事を推奨します。

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Microsoft Windows XP Professional(Service Pack 3)
Microsoft Windows 7 Home(32bit)
Microsoft Windows 8 Por(64bit)
Mozilla Thunderbird(Version 17.0.5)

はらださん、ありがとうございます。言われてみればInboxの最適化というのはやったことがありませんでした。特定フォルダが完全になっているので、ローカルフォルダも救えるのではないかと考えたのですが・・・・、難しいんですかねぇ・・・。困りました。