アカウント設定を見直しましたが、迷惑メールを一つのアカウントに集める設定しかしていませんが、受信箱から削除したメールがゴミ箱にありません。

使用OS=WIN XP SP3

バージョン＝2.0

よろしくお願いします。

情報が漠然としてて状況が分かりにくいのですが、[ごみ箱] ではなく [迷惑メール] フォルダに入ってましたとかいうオチではないんですよね...。

まずは次の、トラブル時の定石的診断方法での確認をお勧めします。

（1）Thunderbird をセーフモードで起動して同様の現象が再現するかどうかを確かめる。（アドオン類に原因があるかどうかを探ることができる。）
（2）新規プロファイルを作り、それで Thunderbird を起動して同様の現象が再現するかどうかを確かめる。（現行のプロファイルに問題が起こっているかどうかを探ることができる。）
――これらは問題点を切り分ける上での基本操作です。
（参考）不具合診断チャート
http://wiki.mozilla.gr.jp/wiki.cgi?page=chart

（追記）
例えば次のような情報が具体的に提示されると、他の方からもっと的確なアドバイスが寄せられるかもしれません。
・迷惑メールの挙動についての話か、それとも正常なメールも含めた全体的な話か。
・複数のアカウントをお使いのようですが、共通受信トレイを使用しているのか、個別アカウントで使用しているのか。後者の場合、特定のアカウントでのみこの現象が起こるのか、すべてのアカウントで起こるのか。
・[アカウント設定] の、どこを、どのように見直したのか。
などなど

あとは、Thunderbird の設定上の問題だという前提での一般論になりますが、遭遇されている現象と同様と思われることは、次のようにすると再現できます。これが何らかのヒントになりませんか。

　[アカウント設定] ->（アカウント名）-> [ディスク領域] で、
　[既読のメッセージは常に削除する] にチェックが入った状態だと、
　[受信トレイ] に入っていた既読のメッセージを [削除] すると、
　[受信トレイ] から消えると同時に [ごみ箱] にも入っていない（消えた）状態になる。

個々の [ごみ箱] ごとに、[右クリック] -> [プロパティ] -> [保管ポリシー] で個別にも設定できるので、念のためこのあたりもチェック。

外してたらすみません。