はじめまして。
１０万件以上のメールがすべて消えてしまいました。

環境　WinXppro Thunderbird2.0.0.16

以下やった手順です。

①Thunderbirdを起動
②メールを100件ほど受信
③索引を再作成中にいきなりThunderbirdが落ちる。
④再起動すると、該当フォルダのメールだけ(一番多いメールフォルダ)が０件に。

Profileフォルダを確認すると　メールデータも索引データもすごく小さなサイズのファイルになってしまっていた。
http://wiki2.mozilla.gr.jp/wiki.cgi?pag ... erbird#p38
の作業を行うも復旧できなかった。

これはもう、、、オワタですか？
大事なデータだったので、なにか復元できる方法があれば、、、
よろしくお願いします

残念ですが、オワタです。
Profileフォルダを確認して、メールデータのファイルが小さいと言う事は、
メールファイル事態が次の
>③索引を再作成中にいきなりThunderbirdが落ちる。
>④再起動すると、該当フォルダのメールだけ(一番多いメールフォルダ)が０件に。
この間に飛んでしまいThunderbirdがprefs.jsを元に再作成したと思うのが自然かな？

ファイル復元ソフトを使えば復旧できる可能性は有ると思いますが・・・
私は、復旧出来た例が無いです。(消えたメールファイルを検索して復元するだけなんですが)

一つのフォルダには、そんな10万件なんてためず、分散して、フォルダの「最適化」も定期的に行う。

大事なメールなら、バックアップも行う・・・当然だと思いますが？
メールバックアップの仕方なんて事はトピック立てないようにね(^^;
ナレッジベースに有りますし、過去の質問でも有るので、探してください。