５、Thunderbirdの文字エンコーディングをShift-JISにすると本文が読める。
　　（ただし、件名が文字化けする。）

６、Microsoft Office Outlook 11、Microsoft Office Outlook 12使用者に
　　文字化けが多い。

送信側で件名と本文で違うエンコードを使っているのでしょうか？
文字化けするメッセージのソースで件名のエンコード（頭の =?iso-2022-jp?b?... といった部分）と本文のエンコード（Content-type の charset）はどうなっていますか？

【 確認済み 】→ 確認済みで、その方法では解決しなかった旨をご明記ください。
【 未確認 】→ ご覧いただいて、一度同様の部分をご確認ください。

Caiさん　レスありがとうございます。


ソースリストを確認致しましたが、件名のエンコードはiso-2022-jpです。
本文のエンコードはマルチパートのMIMEフォーマットでcharsetはiso-2022-jpです。
以下ソース（抜粋）

1. text/plain ではなく text/html パートの MIME での charset の指定
2. text/html パートの本文中の META タグでの charset の指定

おそらく 1. が iso-2022-jp、2. が shift_jis とちぐはぐになっていると思います。
このせいで、MIME の charset 指定を信じた Thunderbird で文字化けが発生したのだと思われます。

Outlook のバグの様ですね。
ただ、他のメーラが化けないので、Thunderbirdももう少し柔軟なエンコードを望むのは、
私だけでしょうか？

Firefox でも拡張子ではなくレスポンスヘッダを優先していますし、この辺は愚直なまでに相手を信用する設計ですからね。
一長一短で、どちらがいいのかは難しいところです。