メールを特定のフォルダに受信時に振り分けできるようにしていたのですが、数日前からできなくなりました。
メッセージフィルタの設定をしても、時間が経つと消えてしまいます。

手動でツールメニューからフィルタリングを実行しても振り分けられませんか？

受信トレイ（Inbox）にはどのくらいのメールをため込んでいますか？
また「フォルダを最適化」をしてみた場合，どうでしょうか？

このあたりの情報があるとアドバイスやコメントもつきやすいかと思います．

こんにちは。


その数日前に何かありませんでしたか？
フィルタ設定が時間が経つと消えるなんておかしいですね。

老婆心ながら念のため。（解決策になる可能性は低いと思われますが・・・）
・Thunderbird のセーフモードで起動させて手動でフィルタを実行しても同じですか？
・フィルタ情報を格納しているファイル：msgFilterRules.dat を一時的に別の場所に
　バックアップ移動して白紙の状態にして再設定したらどうなりますか？
　（上記のファイルはプロファイル内にあります）

実はこれが原因かも？と思われる事があるのですが、MozBackUpを使ってリストアしてしまったんです。それ以来、変になったような気がします。後はavastとZoneAlarmをインストールしたということぐらいだと思います。

アドバイス頂いた事を一応やってみました。セーフモードで起動して手動でフィルタを実行ですが、やはり振り分けられませんでした。

フィルタ情報を格納しているファイルなんですが、これが見つかりません。defaultsの中にあるプロファイル内ですよね？中にはlocalstore.rdf、 mimeTypes.rdf 、prefs.jsの３つのみです。もしかしてこれが原因でしょうか？

失礼しました。
プロファイルフォルダ配下の Mail フォルダ内のアカウント毎のフォルダにあります。
（ローカルフォルダ内にもあります）

あくまでも想像ですが MozBackUp によるリストアに問題があるような気がします。
プロファイル内に必要なファイルが揃っていないような気がします。
リストアはどのような手順で行ったのでしょうか。
本体が 1.0.x 系のバージョンでバックアップして 1.5 に本体をバージョンアップしてからリストア？

Thunderbird の Profile Manager から新規プロファイルを作成して現在のプロファイルの
中身をコピーしたら直るかも知れません。
もちろん現在のプロファイルは削除せずに自己責任でお願いします。