こんにちは。

かなり困っています。。

バージョンは、2.0.0.16 (20080708)で、拡張はなしです。

現象は下記の通りになります。

メールディレクトリの階層は下記のような形にしております。

受信トレイ
　＋A
　　　＋A1
　　　＋A２
　　　＋A３
　＋B
　　　＋B1
　　　＋B2
　　　＋B3
　＋C
　　　＋C1
　　　＋C2
　　　＋C3

本日の作業時点で階層の全てのメールが見えており、
最近メールの量が増えてきたので、さらに階層を深くしていました。
それに伴い、メールのフィルタルールも設定を追加しておりました。

上記階層が作業前の概要で、


受信トレイ
＋部署名
　＋部門名
　　＋A
　　　　＋A1
　　　　＋A２
　　　　＋A３
　　＋B
　　　　＋B1
　　　　＋B2
　　　　＋B3
　　＋C
　　　　＋C1
　　　　＋C2
　　　　＋C3

といった形に全体的に階層を見直しておりました。
受信トレイや、部署名、部門名にメールはなく、実際にメールが存在する部分は、
A(１・２・３)、B、Cも同じになっております。

作業後、A.B.Cの子フォルダのメール内容が文字化けしている事に気づき、
過去ログ等を調べ、各フォルダの.msf を一端削除し、再作成を試みました。
＃親フォルダのメール内容は問題なく表示されております。

上記実施後、起動し、子フォルダを参照すると、

要約ファイルを作成しています→完了　となったのち、
通常ならメールが列挙されるウィンドウは空のままです。

他のプロファイルを作成して、Mail ディレクトリをコピーしてみましたが、
やはり同様の現象でした。

みれないメールファイルをみてみると、容量は数十Mがあり、
みれていた時と同じぐらいの容量はあると思います。

可能性はもうないでしょうか・・・？

試すべき事が残っておりましたらご教示願えれば幸いです。
[/u]

.msf の削除は、基本的にはお勧めしません。
メールの内容が文字化けしているということであれば、文字エンコーディング関係の設定を見直せば良いはずです。
.msf に何らかの問題がある場合でも、削除が必要になることは稀で、そのフォルダのプロパティで [索引を再構築] で再構築できます。

とは言っても既にしてしまったものはしょうがないのですが、そのメールディレクトリというのは、pop アカウントか、あるいはローカルフォルダということで良いでしょうか？
メールボックスのファイルを、半角英数のみの名前にリネームした上で、そのアカウントの保存先となっているディレクトリ(Mail/(サーバ名)/ 等)の直下に置いて、Thunderbird を再起動してみてください。
その置いた中身は、Thunderbird 上から見えるようになりますか？
見えるようになったら、あとは下手にファイルを直接いじったりはせず、Thunderbird 上から、置き場所や名前を変更してください。

念のため、プロファイルのバックアップは取ってから作業してください。