スタートボタンからサンダーバードのメニューを見ると、普通に起動するのとは別に、プロファイルマネージャーというメニューがあったのですが、インストールし直してみたら見当たりません。

Thunderbird　2.0.0.14　です。

なぜなのでしょうか？

最近は表示されません。
「thunderbird」起動のショートカットを作成して、プロパティを開き、リンク先の最後に、"_-p"をつけると、これで起動するはずです。
このショートカットをお好きなところに保存すればよい。

"_-p"　の追加は、"　←　入力不要、_←はスペース　です。

firefoxのプロファイルマネージャーのプロパティを参考にしてください。

質問するときは「利用環境」を正しく入力しましょう。
仮にXPでThunderbird　2.0.0.14を使っていることとして回答します。

　以前はメニューにありましたが、「プロファイルマネージャを普通は使わないでしょ」って事で、メニューが削除され、あらたに「セーフモード」と言う物が加わりました。Tb1.5からそうなったはず。
　私の場合はプロファイルマネージャを起動することはほとんどしないので、起動したいときは「ファイル名を指定して実行」に下記を入れてます。
"C:\Program Files\Mozilla Thunderbird\thunderbird.exe" -p