VistaのThunderbirdでメッセージの保存先をCドライブから、Dドライブに移したら、ディレクトリィは変わったのですが、自動移行すると思ったメッセージが移行されず、元の場所も分からなくなってしまって困っています。
VISTAの、Thunderbirdのメッセージの保存先のディレクトリィを教えてください。

デフォルトでのメールデータの保存先でよろしいですね。
メールデータはあなたのプロファイルフォルダの中にあります。
Vista のプロファイルフォルダの場所は以下を参照して下さい。

Profile folder - Thunderbird - MozillaZine Knowledge Base

リンク先の解説で以下のパスの <Profile name> があなたのプロファイルフォルダになります。

C:\Users\<Windows user name>\AppData\Roaming\Thunderbird\Profiles\<Profile name>\

<Profile name> は <xxxxxxxx.default> の表記になっている思います。(xxxxxxxx はランダムな英数字)
また、AppData フォルダは隠し設定となっていますので、隠し設定を解除して下さい。
隠し設定の解除方法も上記のリンク先に有ります。

プロファイルフォルダを開くと Mail というフォルダがあります。
Mail フォルダの中にあるPOPサーバ名のフォルダに
あなたが設定したアカウントのメールデータが入っています。
あなたがすべてのアカウントをローカルフォルダで一括管理しているなら
Local Folders というフォルダになります。