---- 環境 ----
使用しているThunderbird：
　　　　Thunderbird 2.0.0.14

使用しているOS：
　　　　Windows XP

使用しているセキュリティツール（ウィルスチェッカ、ファイアウォールなど）：
　　　　AVG Anti-Virus Professional Edition 8.0

---- 質問内容 ----
このソフトをホスティング会社の方から勧められてインストールしたのですが、
そのソフトでメール内容をハードにDLすると、メールサーバのデータがなくなります。

メールサーバにも残しながらバックアップの一環としてハードの方にも残せると聞き
インストールしたこともあり、設定をしたいのですが、どこでするのか見つかりません。

方法を教えてください。よろしくお願いします。

受信形態は POP 環境での話ですよね。
"サーバに残す thunderbird" などのキーワードで web 検索すれば
沢山の解説を見つけることが出来ますよ。
以下解説の一例です。

Thunderbird 2.0 受信したメールのコピーをサーバに残す方法
Thunderbird(Windows版) メールサーバ上にメッセージのコピーを置く方法：My BIGLOBE会員サポート

サーバにメールを残す設定の場合、
あなたのサーバ上のメールボックス容量を超えない様にご注意ください。