ツール＞アカウント設定＞サーバ設定内「ダウンロード後もサーバにメッセージを残す（G)」にチェックを入れてデフォルトにしておくことと、「メッセージを自動削除しない」はデフォルトにしてください。

サーバを覘いてデータが残っておらず、自分のPC内にしか残っていないことに気がつき、びっくりしてしまいました。(':shock:')

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ちなみに、上記については以前から以下の Bug が立てられています。
Bug 231541 – "Leave messages on server" should be chosen by default (dataloss)