ご質問させてください。

デスクトップ（XP）と、モバイル（Vista）で受信メールや送信済みメール、各種の設定などを同期させたく思っています。

市販のリンクケーブルとファイル同期ソフトを使って、それぞれのPCで同期を取りたいフォルダを指定して同期させます。
イメージは、モバイルを持って外出し、帰社したらリンクケーブルをデスクトップとつなぎ、同期を実行する形です。

受信・送信・削除データだけでなく、アカウント設定やメッセージフィルタまでをファイル同期させたい場合、デフォルトのインストール環境ですと、どのフォルダ（ファイル）を同期させれば良いのでしょうか。

現在はデスクトップ、モバイル共にThunderbirdがインストール済みで、モバイルでは既に利用しております。

デスクトップ側は同期の方法が解決できればThunderbirdに移行予定で、インストールのみしている状況で、現在はoutlookを使用しています。
サーバーに受信メールをコピーを残す設定でそれぞれメールを受信していますが、自身の送信メールが管理しきれません。
何卒ご教示頂ければ幸いです。

Windows ではやってことがないので同じようにできるかどうか分かりませんが。

デスクトップとモバイルの同期させたいアカウント設定が全く同一のものとしたら、
お互いの PC の、Thunderbird の Profiles フォルダ内のユーザ・プロファイル・フォルダ（xxxxxx.default のような名前）以下の Mail フォルダに保管されている対象メール・アカウントフォルダ（プロバイダ名になっているはずです）同士を同期させるのが一番簡単ではないでしょうか。
これだとアドレス帳やフィルタ設定などをモバイルの方で変更しても、読み込み先のデスクトップにも反映できますから。

送信済みトレイのみを同期させるなら、メールアカウントフォルダ内の「Sent」と「Sent.msf」ですが、ファイル単位の同期ができないアプリケーションなら、メールアカウント・フォルダを指定することになると思います。

※ Profiles の場所が分からないようでしたら Mozilla Japan Thunderbird Help を参照してください。
プロファイルの管理

・ユーザ・プロファイル・フォルダは Profiles の直下にあります。
・メールアカウント・フォルダは「ユーザ・プロファイル・フォルダ」の直下にあるプロバイダ名称が付いたフォルダです
・送信済みトレイなどの個別ファイルは「メール・アカウントフォルダ」内にあります