WindowsXP Pro SP2 にインストールしたThunderbird 2.0.0.6から
Base64ではなく、uuencode を利用して添付ファイルをエンコードし
送る方法をご教示頂けませんでしょうか。

ぐぐって、Mnenhy 0.7.5.666 アドオンをインストールしたりしましたが、
これもテキストそのものをその場でエンコード、デコードするのみで、
添付ファイルを Content-Transfer-Encoding: uuencode　で
送ることができてないように思われます。（本文も Content-Transfer-Encoding: 7bitだったり）

メールの送り先から、uuencode で送るように、と言われているのですが・・・

そもそも、Windows環境からではuuencodeでメールを送信はできないのでしょうか？

Thunderbirdには添付ファイルのエンコードを指定する機能は無いと思います。標準ではMIMEにしか対応していないのではないでしょうか。

Mnenhyは本文部で遊ぶだけです。

送信先は相当古いUNIXのMUAをお使いなのですね。
Windows環境からuuencodeの添付ファイルを送信できるのはEudoraとかMewとかぐらいですかね。Eudoraは隠されている設定だし、Mewなどはemacs環境が必要だし …
SygwinでUNIXメーラを使うしか無いかもしれません。

＃Mewなら送れると思っているだけで確かなことではないです