Outlook Expressからメールをインポートしたところ、「Outlook Express メール」というフォルダが残りました。
この、フォルダをゴミ箱に入れたところ、表示はゴミ箱の下にあるのですが、Thunderbirdを終了させて、また起動すると、「Outlook Express メール」フォルダが復活してしまいます。ちなみにVerは「２．０．０．５」を使用しています。
どなたか、良い知恵をお貸し願えませんでしょうか？よろしくお願いいたします。

ゴミ箱に入れるだけではなく、ゴミ箱からも削除してフォルダの最適化をしてもダメでしょうか？

何かが原因でうまく削除されなかったのではないでしょうか。

Profiles フォルダ、NANAMARUさんのアカウント（×××○○.defaultフォルダ）またはアカウントフォルダ内のMailのいずれかを、バックアップを取った後に試してみてください。

Thunderbirdを終了します。
Profiles ＞×××○○.default ＞ Mail以下のアカウントフォルダを開き、中に次のものがあるか確認します。

Outlook Express メール
Outlook Express メール.msf
Outlook Express メール.sbd

上記のものがあれば、それらをデスクトップか安全なところに移動させ、アカウントフォルダの中に残っていないことを確認したらThunderbird を起動させてみてください。
正常になりましたら、移動させたファイルは削除して構いません。

ごみ箱に残骸が居座るようでしたら、Trash.msfだけを移動させて起動してみてください。