設定ファイルは個別で場所も違います。
メールデータや各種設定ファイルは「プロファイルフォルダ」に保存されています。
このフォルダの場所は、 OS によって異なります。
Thunderbird Help: プロファイルの管理
http://www.mozilla-japan.org/support/th ... ile#locate
Windows XP を例にすると、デフォルトの場所にプロファイルがある場合は
検索フォルダの設定ファイルは
C:\Documents and Settings\[ユーザ名]\Application Data\Thunderbird\Profiles\ xxxxxxxx.default\virtualFolders
メッセージフィルタの設定ファイルは
C:\Documents and Settings\[ユーザ名]\Application Data\Thunderbird\Profiles\
xxxxxxxx.default\Mail\アカウントフォルダ\msgFilterRules
(xxxxxxxx はランダムな英数字)
もちろん、個々のファイルはテキストエディタで開いて弄る事は可能ですが、
面倒でも UI 上で設定する方が良いのでは。