v2.0.0.4を複数のメールアカウントで利用しています。
こういった場合、各アカウント毎に下書き・テンプレートなどの特殊フォルダがありますよね
私は、これらを「ローカルフォルダ」のものでまとめて利用しているので
各アカウントにあるものは使用していません。
そこでこれらを非表示にしたいのです。

Thunderbird の UI 上で各アカウント毎の「下書き」「テンプレート」フォルダなどを
非表示にする操作は無いと思います。

私のは非表示になっていますが、
「ツール(T)」→「アカウント設定(C)」で、各アカウントの「コピーと特別なフォルダ」、
下書きとテンプレート、
保存先の設定で「次のアカウントの"ｘｘｘ"フォルダ」で"ローカルフォルダ"を選択したら各アカウント毎の下書き・テンプレートは表示されなくなるのではないでしょうか。

Thunderbird の UI 上で各アカウント毎の「下書き」「テンプレート」フォルダなどを
非表示にする操作は無いと思います。
以下に代替案と力技を紹介しておきます。

UI 上で実施できる代替案
通常はフォルダペインの表示は「すべてのフォルダ」となっています。
「すべてのフォルダ」表示の時に、普段はこれだけ表示してあれば十分だと思うフォルダを
右クリックして右クリックメニューの「お気に入りフォルダ」にチェックして登録します。
これで、フォルダペイン右上にある左右を向いた三角マークをクリックして
「お気に入りフォルダ」を表示させれば登録したフォルダだけを表示する事が出来ます。
この方法が無難だと思います。

力技
各アカウントの下書き、テンプレートなどのフォルダは使ってないしメールも入ってない、
なにがなんでもフォルダペインの表示が「すべてのフォルダ」の時に
下書き、テンプレートなどのフォルダを表示したくないということでしたら、
プロファイル内の該当するアカウントのメールデータにある
表示したくないフォルダに対応するファイルを削除してしまう手も考えられます。
(例えば「下書き」フォルダだったら Drafts と Drafts.msf を削除)
この場合、 Thunderbird のメールデータのファイル構成や
削除したファイルの再構築等を熟知していること、問題が生じた場合は
自力で復旧出来ることが必要となります。
当然ですが、この力技は自己責任において実施して下さい。

これ試してみました。
すでに「下書き」や「テンプレート」が表示されている場合は保存先の設定で「次のアカウントの"ｘｘｘ"フォルダ」で
"ローカルフォルダ"を選択しても非表示にはならないようですよ。

新規でアカウントを作った時には「受信トレイ」と「ゴミ箱」しか表示されないので、
この時点で保存先の設定で「次のアカウントの"ｘｘｘ"フォルダ」で"ローカルフォルダ"を選択したら
そのアカウントの「下書き」や「テンプレート」は表示されなくなるとは思います。

# ウチのがなんかおかしいのかなー。