「ソフトを起動した時点でごみ箱を空にする」
という設定に自分でしたのですが（ずいぶん前に・・・）、
これを解除するやり方がわからなくなりました。

「ソフトを起動した時点でごみ箱を空にする」ではなくて「終了時にごみ箱を空にする」じゃぁないのでしょうか?

ツール->アカウント設定の「サーバ設定」画面の下の方にある「終了時にごみ箱を空にする」のチェックを外して下さい。