別トピックスでも質問しておりましたが、糸口がつかめてきたので報告します。
現象は、
・XP 環境でタグ情報がmboxファイルに記録されず、msfファイルに記録されているようであること
・msfファイルが頻繁に破損し、情報の再構築が行われる
・この現象が会社の XP 版のみで起こり、自宅の OS X 版では発生しない

msfファイルの破損により、タグ情報が失われてしまうため、タグ情報をmboxに記録したい、というのが私の希望でした。
結局、私の職場の環境ではimapフォルダに一旦受診後、手動またはフィルターを使ってローカルフォルダに移動させていただのですが、ここに原因がありそうです。
・別アカウントで、ローカルフォルダに直接受信させたファイルでは、タグ情報をmboxファイルに記録することができました。
・imapフォルダで受信したメールでもローカルフォルダに移動後、msfフィアルの再構築を行えばタグ情報をmboxファイルに記録できることもわかりました。

用いているメールサーバーソフトの問題なのか、TB 側で対応可能なのかはわかりません。

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Thunderbird version: 2.0.0.5

<Environment>
NEC Mate: MY30Y/E-H
Intel Pentium 4 CPU 3.00GHz

OS: Microsoft Windows XP Professional
Version 2002 Service Pack 3
Input Method: ATOK 2009

こんなのあるのかぁ・・・という程度ですが、
Bugzillaの方で IMAP で関連するかな?の不具合を探して見ました。

Bug 382836 – Filtering IMAP to Local Folders corrupts mail folder
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=382836

Bug 383777 – Cannot copy messages from IMAP folder to POP3 folder
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=383777

Bug 295672 – moving message from local folders back to imap server says : Message contains invalid header
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=295672

# IMAP環境は未体験なもので・・・。

いつもコメントありがとうございました。結果は、以下の通りです。

【別アカウントでPOP3受信したメールのヘッダ（抜粋）】

From - Wed Jun 13 11:55:25 2007
X-Account-Key: account3
X-UIDL: UID49-1118624730
X-Mozilla-Status: 0001
X-Mozilla-Status2: 00000000
X-Mozilla-Keys: &jgv5plgfmoew,ddr-

【同じメールが bcc でimap受信したメールのヘッダ（抜粋）】

From - Wed Jun 13 11:56:55 2007
X-Mozilla-Status: 0001
X-Mozilla-Status2: 00000000
Return-path: <akio.neki@summitpharma.co.jp>

なお、「最適化＆索引ファイルの再構築」によるmboxファイルへのタグ情報記録はその後うまくいかなくなりました。どうしてでしょう？
ちなみに最適化＆索引ファイルの再構築を何度もやっていたらメールの数がゼロになってしまいました。慌ててプロファイルフォルダの該当mboxファイルのコピーをとっておいたので、事なきを得ましたが、そのmboxファイルはその後空（0 kb）になってしまいました。

早く次ぎのバージョンがでないかなぁ。

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Intel Pentium 4 CPU 3.00GHz

OS: Microsoft Windows XP Professional
Version 2002 Service Pack 3
Input Method: ATOK 2009

Thunderbird 2.0.0.4はでました。

IMAPとの事でちょっとテストして見ました。
サーバに有るメールにタグを付けていて、msfが無くなろうが、タグ情報は有ります。
私は、msf周りのバグが気になってPC起動毎、ImapMailフォルダのmsfを消すように仕掛けてる。
まあ、mboxに保存されている状態です。

また、今回はLocal Folderのようですが、サーバ上でタグを付けたままの物は
Local FolderでもmboxにX-Mozilla-Keys:の情報を持っています。

サーバでタグを付けず、Local Folderへ移したものは、X-Mozilla-Keys:スペースを持っていません
ゆえに、msfへ情報が入ります。
Local Folderフォルダへの最適化でX-Mozilla-Keys:が出来るのですが・・・
条件が有るようで、１M以下のフォルダは何度やってもダメでした。

まあ、参考までに・・・

--
オフトピ
msfが良く壊れるとの事ですが・・・一度デフラグでもした方が良いのでは？

その後、わかってきたのですが、
・私の環境ではIMAP上でタグを付けてもmboxには格納されない（おそらく環境によって異なるのでしょう）
・ローカルフォルダに移動させるだけでは、X-Mozilla-Keys: は付加されない
・TB 1.5 の時に、Outlookから移行したファイルにも、X-Mozilla-Keys: はない
・TB 2.0 でPOP3受診したメールには、受診時から X-Mozilla-Keys: がある
・ローカルフォルダ上で２回最適化の操作を行うと X-Mozilla-Keys: が付加され、タグがmboxに格納されるようになる（いらないメールの削除などを行って、最適化が必要な状態を作る必要あり）

結局、私の環境でもPOP3受信できることが判明し、今ではすべてのメールをPOP3受信しています。また、過去のメールは整理されたフォルダごとにタグを付けてからまとめ、その後に最適化をしています。フォルダの数が非常に多い（Outlook 時代は、pstファイルに容量の制限があったため）ので、まだすべてのフォルダの最適化は終わっていません。

アドバイスを下さったみなさん、ありがとうございました。

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Intel Pentium 4 CPU 3.00GHz

OS: Microsoft Windows XP Professional
Version 2002 Service Pack 3
Input Method: ATOK 2009

imapサーバー経由の受信でタグが付加されない件は、POP受信に切り替えてどうにか対応できるようになりましたが、メールの移動でタグ情報が消える現象がありました。
移した先のフォルダは、まだ最適化が済んでおらず、タグ付きの古い（タグ情報自体がmboxに書かれていない）メールを移したところ、付加したタグ情報が消えてしまいました。

PS 相変わらず、要約ファイルの再構築が頻繁にかつ勝手に起こり、受信済みのメールが未受信になることも起きています。

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