ある時、非常に動きが遅いなぁと思いながらもPCを動作させているうちに、どうやらメッセージフィルタを壊してしまったようで、設定している条件と、動作がずれています。
フィルタは１９個作成しており、すべてアルファベットで命名しています。
どうやら、フィルタ１８番の条件（From:に○○を含んでいれば）に対し、フィルタ１７番の動作が適用されているようです。
このずれが全体的に起きているようです。
どうしたら直せるでしょうか？？？
最も肝心なところが最悪の組み合わせで動作してしまい、非常に困っております。

すごく難しそうな問題ですね。
Mac版なら全く見当が付きませんが …
Windows版なら「msgFilterRules.dat」というファイルをエディタで開いて調べてみると何か判るかも知れません。
この中の「name="xxx"」から始まって「condition="xxx"」が一つの組のはずです。「"」が片割れになっているか、何かの理由で このセットの括りが崩れてしまったのかも知れません。

以下の条件を満たさない場合は諦めた方が良いでしょう。
１．このファイルの場所がわかる。
２．utf-8を扱えるエディタを持っている。
３．バックアップを取るなど、大切なファイルを扱うための手順を知っている。

おそらく、インストールをやり直しても このファイルは置き換わらないと思います。全てのフィルタをThunderbird上から一旦削除するか、上記のファイルをrenameするか削除するか、でしょうか。

ご返事ありがとうございました。
メッセージフィルタのファイル名が判らず、困っておりましたが、ご指摘のファイルを調べてみたところ、
設定ファイル自体は壊れていないようでした。（条件と動作が一致した）

タイミング良く(?)バージョン2.0が出ていたので、更新したのですが、それでも直らなかったので、設定ファイルが壊れてしまったのかと思っておりました。

実は、連休明けにメールチェックした際、一度に1000通のメールを受信することになり、
CPU使用率100%が続いているときに無理やり、別の作業をさせようとしたりしたため、
MFTを傷つけてしまったようです。chkdskを繰り返しても直らず...

異常な動作はこれが原因であることが判りました。
なるべく早いタイミングで時間を作り、PCの再セットアップを試みようと思います。

メッセージフィルタを作り直さなければならないのかと途方に暮れておりましたが、
これが無事だったと判っただけでも大収穫です。
本当にありがとうございました。

原因がわかって良かったです。

しかし、ディスクにエラーが有るのに何の警告も出さずに知らんフリをして、結果がおかしな事になっていることでユーザーを悩ませるのはThunderbirdのバグだと思います。注意して使ってやってください。