たまに未読メールのサインが左フォルダにでていても
右のリストウィンドウに出てこない症状があり、
表示を「過去5日間」や「未読」に切り替えてみると
確かに存在する・・・ということがよくありました。
表示を「すべて」にするとなぜかそのメールは表示されません。

あまり気にせずに使用していたのですが、
最適化すると直せるかもと思い、実行しました。
その後、受信トレイのリストウィンドウには何も表示されなくなり、
再起動後、確認してみるとここ3週間ほどのメールが消えていました。

プロファイルを復元する？という方法で消えたメールを復元することは可能でしょうか。

その未読メールというのは受信したばかりの本当に「未読」なメールを指しておられる
のでしょうか？
削除したメールがフォルダの最適化をしていなかったために要約ファイルがおかしく
なって復活したということかな？
受信トレイに限らず、どのフォルダでも起こっている現象でしょうか？

消えたメールは消えるべきものではなかったのですね。
受信トレイや他のフォルダはそのフォルダのプロパティで「保管ポリシー」の設定はどうな
っていますか？
またメッセージフィルタの設定でサーバと同期するように削除する設定にはしていません
か？
本来、削除したメールだがフォルダの最適化をしたので綺麗に削除（消えた）されたとい
うことではないのでしょうか？

まずはプロファイルフォルダ内のメールデータを確認してみてください。
そこに残っていたら見えて読めるはずです。

その後順調に受信できていたのですが、
また、消えるメールの不思議現象がでています。
表示を「未読」にした状態で新着したメールを確認して
既読になりますが、表示を「すべて」にした際にリストに表示されなくなります。

とりあえず以下を試して確認してみてください。
不具合診断チャート - もじら組 Wiki

その「すべて」で表示されないメッセージに共通する何か特徴はありませんか？
メッセージのソース表示でヘッダー等の情報をそれ以外の物と比べてみて何か違いは
無いでしょうか？
再現する条件が明らかにならないとバグとも判断しにくいですし、確認のしょうがないで
すねぇ。

トラブル時の解決方法として不具合診断チャートは今後も活用させていただきます。

セーフモードを試してみましたところ、症状が改善されていました。
以前追加した拡張期能が問題だったのかもしれません。
昨日消えていたメールも今日は「すべて」できちんと表示されています。
不思議な現象でしたが無事に解決し、安堵しています。

新規プロファイルでも再現したというあたりがどうも腑に落ちません。
以前追加した拡張機能やその設定情報は新規プロファイルでは引き継がれる事はない
はずです。
旧プロファイルからごっそり上書きコピーされていたとしたら新規プロファイルを作っても
意味が無いのですが、そういう事だったのでしょうか？

セーフモードで不具合現象が再現しなかったという事は拡張機能かテーマが悪さをして
いたと思われます。
（セーフモードは一時的に拡張機能やテーマを無効化するモードですので）
今後、同様の問題に遭遇された方々が参照できるようにできましたらその問題を起こす
拡張機能かテーマを突き止めていただけませんか？

削除しました機能は『MagicSLR-1.2.1-ja.xpi』です。
その他でインストールしている拡張機能は『slideshow-0.9-only_ja.xpi』
ですが、そちらは削除はしていません。