Cai様

>パスワードマネージャにアカウントのパスワードが保存されているか確認してみてください。
確認しました。以下の様に保存されていました。
　xmailbox://hoge@???.???.???.???, <指定無し>, ********


＞「パスワードを保存しないアカウント」に入っていたらここからは削除してください。
ここには何も保存されていませんでした。


>次にパスワードを入力するときに「パスワードマネージャでこのパスワードを保存する。」にチェックが入っているか確認してください。
Thunderbirdを終了・再起動しましたが、パスワードの入力ウィンドウには
「パスワードマネージャでこのパスワードを保存する。」というチェックボックスはあらわれませんでした。
パスワード入力ウィンドウはどれも、パスワード入力エリア、OKボタン、キャンセルボタンのみです。

Thunderbirdを終了・再起動し、最初の投稿の様に起動時にパスワードを3回入力しました。
そして、パスワードマネージャを見てみましたがユーザー名は<指定無し>のままでした。

＃ たぶん、表題のような起動時のパスワードではないと思いますが

起動と同時にメールチェックを行う設定になっていて、初回メールチェック時にパスワードを要求してくるのでしょう。

起動時のメールチェックを行わないようにすると記憶させられるかも知れません。なぜか起動時のチェックは通常のボタン操作でのメールチェックと動作が違うような動きをします（1.0.2ぐらいのときにサーバーとの通信を観察したのですが．．．違うスレッドで競合していたような．．．）

手っ取り早いのは
　xmailbox://hoge@???.???.???.???, <指定無し>, ********
と内容を表示したファイルそのもの（表示されているのだからわかっていますね）を削除してパスワードを設定し直すという手があるかも。

また、セキュリティソフトの仕業っていうのも考えられます。ユーザーのパスワードやクレジットカード番号など特別に守らなければならないと認識しているキーストロークを許可のないアプリケーションに渡さないっていうやつです。（でも???.???.???.???にはならないはずだし、警告が出るはず）

???は伏せているのでは？

僕も起動時にチェックするようにしていますが、記憶させることはできます。このへん環境依存なんでしょうか。

あっと、そういうことか。パスワードは最後って言う認識だったので"********"の部分だと思ってました。
「hoge@???.???.???.???」っていうのはサーバー名がなにかのソフトのせいで置き換わっているのかな、と。

いや、環境依存ってことは無いと思います。「このフォルダは使用中です」とかメッセージ出たことないですか？
微妙なタイミングの時にスレッドが複数走ってしまい、そのタイミングの悪いときにサーバーから拒否を返されることがあり、そのときにはThunderbirdでの初回のパスワードを記憶してくれません（でした　< 過去形）
これは１年ぐらい前の話しです。私は起動時のメールチェックはしないように設定しています。

いや、パスワ-ドは********の部分です。???.???.???.???の部分は普通はサ-バがきます。

パスワ-ドマネ-ジャでの表示（左からアカウント、ユ-ザ名、パスワ-ド）
mailbox://hogehoge@pop.example.com , hogehoge , foobar

なのでユ-ザ名が空白なのはおかしいな、と思ったのですが...
ん？thachiさんのはmailbox://じゃなくてxmailbox://になってますね。
ひょっとしてPOPじゃなくてIMAPなんでしょうか？
IMAPは使ってないのでさっぱりですが。

えっと、覚えがないです。
起動と同時にフォルダの最適化が始まることはよくありますが、特に問題はありません。

パスワード管理がxxxxxxxx.sからsignons.txtに変わった影響でしょうか？
avairyからプロファイル移行するとおかしくなるとか。