このような現象で解決された方法など（フォルダの最適化、修復以外）ありますでしょうか？

ここ最近になって、複数の社員から受信フォルダが表示されなくなった、受信していたのだがそれがどこかにいった（そのメールだけ表示されない）などの現象が多発しております。

Thunderbirdを古いバージョンからインストールしていき、バージョンアップを行い最新にすると表示されるようになった（古いバージョンをインストールした時点で表示されている）こともありますが、ほとんどが解消されません。

フォルダの４GB問題も関係しているかと思うのですが、この４GB問題はソフトの方で対応される予定はあればうれしいのですが・・・

MailStoreを使用してデータの移行を行っているのですが、

-会社のPCに対して使用される場合には、「商用利用」としてライセンス違反となります。
法人でのご利用をご希望の場合は、MailStore Serverを同じ用途でご利用頂けますが、
次の方法でご対応も可能です。
1) お客様には、Home版で利用されるユーザー数分の"MailStore Server"のライセンスをご購入頂き、
　 あわせて、お客様環境のグローバルIPアドレスをお知らせ頂きます。
2) 弊社から開発元（ドイツ）へ「こちらのお客様は、MailStore Serverのお客様で、
　 使うツールとしてMailStore Homeを社内利用します」といった旨の連絡を行ないます。
こうすることで、MailStore Homeの社内利用を不正使用と見なされないようにします。