かなり前からでいつからかは分からないのですが、迷惑メールフィルターが自動で作動しなくなりました。

・ツール - 迷惑メールフィルターを実行
こちらを手動で行うと正常な動作が実行されます。

IMAPの各アカウントの上記の項目にはチェックが入っており、手動実行の際には設定したフォルダーに移動しています。

各IMAPアカウントのメッセージフィルターの有無に関わらず、各アカウントで同じく動作していません。

それはどのバージョンの頃からでしょうか。
91の頃、102の頃、それとも115になってからでしょうか。

つまり、対象のアカウントはIMAPなのですね。
迷惑メールは受信トレイに入るのでしょうか。
それとも、サーバー側で別フォルダーに振り分けられているのでしょうか。

かなり前の事ですのでバージョンも全く分からないのですが、恐らく2年前後は経過しているのではないかと思います。
少なくとも1年は経過しています。

メッセージフィルターを設定していないアカウントは全て受信トレイに入り、迷惑メールのマークが付いていない状態です。

いずれも、各フォルダーで「ツール - 迷惑メールフィルターを実行」を行うと、迷惑メールのマークが付いて、迷惑メールフォルダーに移動します。

ずっと放置してきた問題を今になって解決しようと思ったのには、何か理由があるのでしょうか。

15年以上使っているプロファイルから離れたくなかったのですが、ほぼIMAPのみですので、メールが無くなってしまうなどの問題は起こらないと思います。

これはプロファイルのデータ移行ではありません。

【重要】動作確認は必要最小限の設定だけで行う
新しいプロファイルで動作確認する目的は、不要な不確定要素を減らしてなるべく素の Thunderbird での挙動を見るためです。
そのため、以下を心がけてください。

• 最初に「既存のメールアドレスのセットアップ」ウィザードが起動すると思いますので、確認に必要なアカウントだけを新規に設定してください。
• アカウント設定では、既存のプロファイルに影響を与えないように、POPであれば「ダウンロード後もサーバーにメッセージを残す」設定にし、その下のサーバーのメッセージを削除する2つのオプションも外しておいた方が無難です。
• まずは、アドオン等を追加したり、オプションを変更したり、メッセージフィルターを設定したりせずに確認を行います。
• その後で、確認に必須なアドオンや設定等があれば、それを１つずつ設定して確認を行います。