長年Macbookproでthunderbirdだけを使ってきました。

起動された状態で全てのthunderbird画面をクローズ（バックグラウンドでは移動状態）している状態ででも『コマンド＋1』でメインの画面が立ち上りました。

Macでは全てウインドウを閉じてもTunderibirdは動いています。指定した間隔での受信もバックグラウンドで行われているので、普段使っていないときには command+w で閉じています。
command+1 で開くことができたのでとても便利でした。

もしこの機能が廃止されるという情報がありましたらご存じの方お教え下さい。

SUPERNOVA デザインに変わって間もないので、そのうちに復活されると期待していますが

＞Macではすべてのウインドウを閉じてDocに入った状態？でも最前面のアプリがある？のでキーボードショートカットが使えるのでしょうか？

そんなことはありません。
ウインドウをすべて閉じていてもThunderbirdが最前面にあるときだけです。

＞キーボードショートカットの機能はそのままのはずで

それがそうでないからこのトピックが立ち上がっています。

Thunderbirdのウインドウを全て閉じた状態で他の作業をしていても、command+tab で Thunderbirdに戻り、command+1 あるいは command+N でThunderbirdのメインウインドウを開くことができていましたが、今はできなくなってしまいました。

今までも、今回の115にアップデートしても起動された状態で全てのthunderbird画面をクローズ（バックグラウンドでは移動状態）している状態ででも『コマンド＋1』でメインの画面が立ち上りました。

ところご今回115.3.1にしたところ上記の動作が一切できなくなり、メイン画面を開くには、
いちいち、メニューの『ツール』から「アドオンとテーマ」を選択しないと開かなくなりました。
開いてから「アドオンとテーマ」のタブを閉じるという面倒なことをしています。

Macでは全てウインドウを閉じてもTunderibirdは動いています。指定した間隔での受信もバックグラウンドで行われているので、普段使っていないときには command+w で閉じています。
command+1 で開くことができたのでとても便利でした。

当方は macOSでの Thunderbird の際に command＋1 のショートカットで 立ち上げ 機能が有ったとは知りませんでした｡

macOSでのアプリの場合､ アプリのWindowを全て閉じた際の挙動に統一性が無く､ その行為でアプリ終了となるモノも有りますので､

元々は macOSで アプリのWindowを全て閉じた際のグレーゾンな挙動の際に､更に 本来はTabの操作の為のショートカットの振る舞いが何処まで適用されるか?

また､現行のThunderbird 115 は Appleの Safari での挙動と同じようです｡