POP3アカウントでソフトからメールを削除するとメールサーバーから削除すると設定。
ソフトから削除されるがサーバーに残っているメールが削除されず全て再ダウンロードされる。

なお、ユーザーファイルなど削除して再インストールしても改善せず。
バグである。

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Mozilla/5.0 (Windows NT 6.1) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/106.0.0.0 Safari/537.36 Edg/106.0.1370.52

XXX さん、EarlgreyTea と申します。

はい、バグです。下記トピックをご覧ください。

メールの削除について

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Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64; rv:106.0) Gecko/20100101 Firefox/106.0

Bug 1792102 POP3 Mailbox Messages Not Being Deleted After Delete or Move

上記バグは Thunderbird 102.3.0 にて生じ、リリース版の102系ではすでに修正されています。
しかし、ベータ版には反映されていないようです。

さらに症状として、POPサーバーのメールを削除しないだけでなく、ローカルで削除した後にメール受信させると、受信済みのメールも再ダウンロードしてしまっているようです。
Thunderbird 102.3.0 の時よりひどくなっているようです。

ベータ版ではなく、リリース版を使用することをおすすめします。

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Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64; rv:106.0) Gecko/20100101 Firefox/106.0

107b2で修正済みです。
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=1796903
ベータ版を使うのであれば、ここではなく正式にBugzillaに報告なさるべきです。

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Mozilla/5.0 (Windows NT 6.1; rv:107.0) Gecko/20100101 Firefox/107.0