これって質問とかじゃなくて 結果の報告ですか。


おかしくなりますよ。Thunderbirdの受信動作中は何もしてはダメです。
フィルタや迷惑フィルタの動作中にメールボックスファイルに変更を加えるような操作は問題外だと思います。しかし、そのようなユーザーの操作をロックしないのはThunderbirdのバグだと思います。
受信中のフォルダの最適化も同様です。その辺りのThunderbird内部での連携が出来ていないのはバグと言って良いと思います。

トラブルの回避方法：　受信が終わるまでジッと待つ

＃ 実際のところ、受信動作が終了したかどうかが判りにくいバグってのも有りますが