メールの送受信を行うと、受信トレイでなくゴミ箱にメールがすべて入ってきます。
フィルターしたもののみフォルダーにくるようになったのですが、迷惑フィルターが
役に立ちません。

情報通りにやってみます。迷惑フィルターが役に立たないというのは、ゴミ箱の中に、いるメールもいらないのも一緒に入ってしまうから、そう書いてみました。

たぶん、このトピックに似た事が起きてるのでは？
自動で「迷惑メールフィルタ」がきかない
迷惑フィルターの設定を見直して、トレーニングして下さい。