使用しているThunderbird：Thunderbird 100.0 B2

拡張テーマは、使用していないです。

パソコンのOSは、Windows8.1　64bit
メモリは、8GB　 HDD空き250GB以上

使用しているセキュリティツール（ウィルスチェッカ、ファイアウォールなど）：
ESET インターネットセキュリティ
Spyware Blasyer 6.0

Thunderbird100ベータ版で、メールを受信する前に、すでに既読済みのメールのフォルダに、前に受信し既読済みなのに、「未読」表示の「太字表示に件数が表示される」トラブルが起きてます。
以前の99までは、発生してませんでしたが、今の100ベータ版では発生してます。
それで読もうと、フォルダにアクセスすると、メールはすべて既読済みになってます。仕様の問題だと思うので改善してほしいです。

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Mozilla/5.0 (Windows NT 6.3; Win64; x64; rv:100.0) Gecko/20100101 Firefox/100.0

当方の環境：

Thunderbird 100.0b2
Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64; rv:100.0) Gecko/20100101 Thunderbird/100.0

では問題無さそうです。
Yahoo!メールのPOPアカウントを設定して一旦全部受信。
その後受信トレイに対して「フォルダーを既読にする」を行い、その後再度受信操作を行いましたが既読表示のままです。

新しいプロファイルにて動作を確認してみてください。
新しいプロファイルで Thunderbird の動作確認する方法

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Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64; rv:99.0) Gecko/20100101 Firefox/99.0